Но раскольническая антирусская и антиправославная деятельность Исидора не закончилась с его бегством из России. 5 декабря 1448 года, отказавшись от мысли поставлять митрополитов в Константинополе, который отступил от Православия на Флорентийском соборе, собор русских пастырей возвел на престол митрополита Киевского и всея Руси святителя Иону.
Святой старец стал заботиться в первую очередь о единстве церкви, обличая латинство и унию. Тем не менее Исидору удалось, пользуясь поддержкой папы Пия II, объявить святого Иону «нечестивым отступником» и посеять смуту, в первую очередь в Литве, где под властью польско-литовского короля-католика Казимира уния не прошла бесследно, как в Московской Руси. В 1458 году латинствующий патриарх Григорий, перенесший свою кафедру в Рим, посвятил в митрополиты на Литву ученика Исидора Григория. В Москве этим сильно обеспокоились, поэтому в 1459 году собрали собор русских епископов, где определили на будущее время избирать митрополитов в Москве, по повелению великого князя и без сношения с греками. Здесь в первый раз упоминается о Московской церкви, в отличие от Киевской. Это означало, что последовало окончательное разделение Русской Церкви на две митрополии – Московскую и Киевскую.Не помогла церковная уния и Византии. Прошли те времена, когда папы своим словом приводили в движение королей и целые народы. Да и в папской резиденции открывались всякие злоупотребления и коварства, в папы часто избирались лица слабые, лукавые и недостойные этого высокого сана. А в среде католического духовенства царила распущенность нравов, хотя в числе его представителей встречалось немало людей с самыми высокими нравственными качествами. Естественно, что после Флорентийской унии папе Евгению IV не удалось собрать крестового похода против турок. Единственное, что ему удалось, это побудить польского короля Владислава III к борьбе с турками. Отважный король, незадолго перед тем одержавший несколько побед над турками, надеялся на обещанную помощь итальянского флота, смело и быстро двинулся с небольшим польско-венгерским войском на турок. Но помощь не явилась, и 9 ноября 1444 г. в отчаянной битве под Варной христианское войско было разбито. Сам король погиб в этой битве.
Теперь судьба Константинополя весела на волоске. Со вступлением на престол султана Мехмеда
II (1451–1481), которого турки прозвали Завоевателем, турки-османы начали решительное наступление на Константинополь Они построили крепость на азиатском берегу Босфора, и стали контролировать движение судов в проливах, соединяющих Средиземное и Черное моря. Новый византийский император Константан XI все еще надеялся на помощь Западной Европы. Но папа Николай V сильно злобился на византийцев за то, что они противились соединению церквей. Никто из западных государей даже и не думал помогать погибающей Византии, кроме Генуи и Венеции, которые с падением Константинополя лишались бы богатой торговли с восточными странами. Бедному императору приходилось надеяться только на мощные укрепления города и мужество его защитников. У него было только 2 тыс. наемных воинов. Тогда он бросил клич среди населения города. Но, увы, из 200 тыс. населения города нашлось только 5 тыс. добровольцев. Многие богатые византийцы даже покинули город, прихватив свое имущество. Но эта горстка защитников во главе с императором была полна решимости погибнуть под стенами города, но не сдать его. Люди надеялись на чудо, которое могло в последний момент спасти Константинополь. Из уст в уста передавалось предсказание, что скоро явится ангел с огненным мечом и поразит всех врагов.Турки уже ввели 400 кораблей в Мраморное море, а 6 апреля 1453 года огромное турецкое войско (от 100 до 150 тыс. человек) осадило византийскую столицу с суши. Полудикое грубое турецкое племя стояло ниже византийцев и европейцев в культурном отношении, но не уступала им в военном деле. У турок были свои пушки и осадные орудия, они были отважными и опытными воинами, во всем подчиняющимися своему султану. Войну с христианами (неверными) они считали святым делом, а по их верованию, воины, павшие в бою, занимали первое место в раю. Среди византийцев обозначилось явное противостояние между 7 тыс. защитниками города и остальным населением, которое при первых грохотах орудий пало духом, видя в происходящем Божью кару за желание соединить церкви.