Каляев был тогда переведен из Москвы в Шлиссельбургскую крепость, знаменитую государственную тюрьму. Двадцать третьего мая в 11 часов вечера в камеру осужденного вошел главный военный прокурор Федоров, ведший следствие по его делу; он был еще по университету знаком с Каляевым. «Я уполномочен вам передать, – сказал он, – что если вы попросите о помиловании, его величество соизволит вам даровать его». Каляев ответил со спокойною твердостью: «Нет, я хочу умереть за свое дело». Федоров изо всех сил настаивал, в очень возвышенном и человечном тоне. Растроганный Каляев сказал: «Если вы проявляете ко мне столько участия, позвольте мне написать матери». – «Хорошо!.. Напишите ей. Я немедленно доставлю ваше письмо». Когда заключенный кончил писать, Федоров сделал последнее усилие, чтобы убедить его. Собрав все свои силы, но сохраняя полное спокойствие, Каляев торжественно заявил: «Я хочу и должен умереть. Моя смерть будет еще полезнее для моего дела, чем смерть Сергея Александровича». Прокурор понял, что он никогда не сможет сломить этой неукротимой воли; он вышел из камеры и приказал исполнить приговор.
Эшафот был уже сооружен во дворе тюрьмы. Палач, тоже из заключенных, на голову которого был надет красный колпак, поджидал приговоренного на ступенях эшафота. Это был отцеубийца по фамилии Филиппьев: его выписали из тюрьмы для уголовных преступников в Орле за геркулесовую силу и профессиональное умение.
Резиденция коменданта крепости находилась в самом конце двора. В этот вечер она имела праздничный вид. Чуть ли не каждую минуту оттуда слышались веселые возгласы и громкий смех. Когда Федоров вошел в помещение резиденции, он обнаружил там оживленную компанию в составе главных начальников крепости и офицеров гарнизона Шлиссельбурга, которые пировали и вовсю веселились. Для того чтобы скоротать время до начала процедуры казни, они от души отдавали должное шампанскому, провозглашая тосты в честь генерала, барона фон Медема, заместителя начальника штаба императорского корпуса жандармов. В крепость его направил министр внутренних дел, чтобы тот присутствовал при последних минутах жизни приговоренного к смерти человека.
Но теперь Каляев выразил настойчивое желание повидаться со своим адвокатом, чье присутствие при казни разрешалось законом. Этот адвокат Жданов накануне вечером специально приехал в Шлиссельбург и несколько раз просил, чтобы его допустили к клиенту. Но Жданов был известен как активный социалист; полиция опасалась, что Каляев передаст ему какое-то последнее сообщение для революционной партии. Поэтому, несмотря на ясные статьи закона, Жданову было отказано в допуске в крепость.
Когда Федоров покинул тюремную камеру, туда пришел священник. Узник принял его любезно, но отказался от религиозной помощи: «Я уже свел счеты с жизнью, – заявил он, – и не нуждаюсь ни в ваших молитвах, ни в вашем причастии. Тем не менее я христианин и верю в Дух Святой. Я чувствую, что Он по-прежнему во мне и что Он не покинет меня. Этого мне достаточно». Священник мягко настаивал на желании выполнить свои обязанности, и Каляев добавил: «Меня трогает ваша жалость. Разрешите мне обнять вас!» Они упали в объятия друг другу.
В два часа утра узника вывели из тюремной камеры и со связанными руками провели во двор крепости. Он твердым шагом поднялся на плаху. Его лицо ничем не выдавало волнения, когда он, стоя, в соответствии с традиционной судебной процедурой, выслушивал зачитываемый ему приговор. Когда судебный чиновник закончил чтение, Каляев заявил спокойным тоном: «Я рад, что до конца сохранил хладнокровие». Затем два тюремщика облачили его в длинный белый саван, который покрыл его голову, и палач приказал: «Становись на стул!» – «Ничего не вижу». Филиппьев своими сильными руками приподнял его, поставил на стул и быстро затянул веревку вокруг шеи. Затем коротким ударом ноги он выбил стул из-под Каляева. Но веревка оказалась слишком длинной; ноги Каляева все еще доставали до пола. Жертва резко вздрогнула. Среди зрителей, собравшихся вокруг плахи, раздались возгласы ужаса. Палач вынужден был укоротить веревку и начать всё сначала.
После этой мрачной трагедии Елизавета Федоровна решила, что светская жизнь для нее кончена. Отныне ее занимали исключительно дела религии. Она всецело отдалась подвигам аскетизма и благочестия, покаяния и милосердия.