После отзыва Черняева и назначения на его место генерала Романовского Серов фактически возглавил контрразведку Туркестанской области. Работал с перебежчиками из Бухары и Коканда, из афганских дезертиров создал так называемую "Афганскую роту", успешно проявившую себя в войне с Бухарским ханством в 1868 г. С 30 мая по 8 июня 1868 г. Серов находился в Самарканде, с небольшим гарнизоном которого выдержал осаду многотысячных скопищ шахрисябзцев.
В 1869 г. Василий Серов за боевые заслуги в ходе Туркестанских походов был награждён почетным золотым оружием с надписью "За храбрость". В 1870 г. произведен в полковники.
В 1872 г. вернулся в Гурьев и был назначен атаманом 2-го Гурьевского отдела Уральского казачьего войска, затем атаманом 1-го Уральского отдела. Был депутатом от войска на коронации императора Александра III. В 1883 г. производится в генерал-майоры. В 1878--1889 гг. неоднократно исполнял обязанности войскового походного атамана казаков-уральцев. В 1894 г. произведен в генерал-лейтенанты. Скончался в 1901 г., похоронен в Гурьеве.
Награды:
Орден Святой Анны 3-й ст. (1854), Орден Святого Владимира 4 ст. (1855), Золотое оружие "За храбрость" (1855), Орден Святого Станислава 2 ст. (1862), Орден Святой Анны 2 ст. (1862), Орден Святого Владимира 3 ст. (1864), Орден Святого Георгия 3 ст. (1864), Орден Святого Станислава 1 ст. (1864), Орден Святой Анны 1-й ст. (1865), Золотое оружие "За храбрость" (1865)
Сто тридцать девятая запись в дневнике ЕИВ Николая второго
Михаил Григорьевич Черняев, "Ташкентский лев" - один из самых талантливых, расчётливых и удачливых военноначальников описываемого периода. Я специально не даю о нём развёрнутой исторической справки, просто по той причине, чтобы у читающих дневник не сложилось какого либо одностороннего мнения об этом человеке. О нём и его делах надо писать отдельную книгу.
В той истории в июле 1866 года, Михаила Григорьевича отозвали из Туркестана, потому что его блестящее взятие Ташкента вызвало дипломатический переполох. Город принадлежал, номинально, Бухаре были возможны крупные осложнения в Средней Азии, британской дипломатией им придавался серьёзный международный характер. К большой войне мы ещё были не готовы ни в той, ни в этой истории.
По той же причине Черняев сейчас сидит в малой приёмной Приоратского дворца в Гатчине и, наверное, костерит про себя, всех членов Военного министерства начиная естественно с Милютина, а возможно и с меня. Пускай ещё немного посидит, поскучает, сейчас должен Владимир ("братан") приехать, вот будет парочка сорвиголов! Барятинский старший, когда прознал про эту мою задумку, попросился третьим быть, но не тут то было. Я ему конечно отказал.
- Вам всей армией командовать полагается, а не в головоломных экспедициях участвовать.
- Ваше Императорское Величество, так хочется …….
Жалобным, совсем не похожим на уверенный баритон фельдмаршала голосом, произнёс он.
Общую идею операции мы с командующим согласовали, теперь её готовить надо и как можно тщательней, да ещё и соблюдая полную секретность.
Приказа о её подготовке не будет. Будет только приказ о начале операции. При наших "авгиевых конюшнях" всё ещё расчищаемых СБ, по-другому нельзя, иначе полную СЕКРЕТНОСТЬ не сохранить.
Ну, вот и Володька приехал, я его по походке узнаю, он и по земле, как "по небу ходит", здесь ничего не поделать, он теперь профессионал.
Вошёл, обнялись, посмотрели друг на друга. Слов не было, да они и не нужны, просто будут лишними. Не виделись мы всего несколько дней, но я по младшему брату скучаю и немножечко завидую. Он моё специальное задание выполнял, здесь рядом, но всё равно я соскучился.
- Владимир!
Это я уже Барятинскому младшему.
- Приглашайте, пожалуйста, генерала Черняева и можете кофе заняться.
Адъютант знает, раз заняться кофе, то обе двери (я первую приказал ещё и войлоком обить) должны быть тщательно закрыты, а он в приёмной неотлучно находиться.
- Здравия желаю Ваше Императорское Величество.
Это уже Михаил Григорьевич Черняев в кабинет зашёл.
- Здравствуйте Михаил Григорьевич, присаживайтесь, располагайтесь по удобней, разговор долгий будет.
- Владимир Александрович, мой брат, прошу любить и жаловать.
Полусерьёзно, полушутливо представляю я Черняеву Володьку.
- Здравия желаю…..
- Михаил Григорьевич, вас не удивил вызов в Гатчину?
Задаю я не самый удачный вопрос, просто так, что бы сбить напряжённость, иначе разговора не получиться. Мне нужно, что бы генерал не был ограничен и сдержан в своём положении существующими традициями. Их одномоментно не изменить, а надо, чтоб они нам не помешали.