В самой палате, в небе, т. е. в сводах и под сводами, вверху стен, стенопись в таких же иконописных олицетворениях изображала притчами и подобиями высоконравственное назидание самому царю, а с ним вместе и всему православному народу о том, как велико и бесконечно Господне милосердие и человеколюбие к кающемуся грешнику, к заблудившейся овце, которую, найденную в покаянии, Сам Спаситель на своих раменах выносит из пустыни блуждания. Здесь притчи и подобия воспроизводили живую московскую историю, только что совершившуюся с молодым царем, когда, потрясенный страшными событиями своих дней (пожар 1547 г.), он по вразумлению и благословению известного священника Сильвестра обратился из пустыни нравственного блуждания на спасенный путь праведной жизни.
Его покаяние было так чистосердечно, так искренно, что он не затруднился перед лицом всего народа с сердечным сокрушением во всеуслышание рассказать свою греховность, греховность своей еще молодой и неопытной личной жизни, и главное – греховность всего государственного управления. На соборе духовенства перед святителями, а потом на Лобном месте перед народом, собранным из всех городов и волостей, он принес это достопамятное покаяние, прося прощения, еже зле содеях, заставив покаяться и бояр, и приказных людей, т. е. все правительство. Можно сказать, что это было покаяние государственное в собственном смысле, где в лице молодого царя именно государство раскаивалось в содеянных грехах. Естественно, что вся история этого покаяния произвела в тогдашнем обществе особое неизгладимое впечатление, под влиянием которого была написана и стенопись царской Золотой палаты. Митрополит Макарий так и озаглавил содержание этой стенописи, что «в полате было приточне (притчами) изображено Спасово человеколюбие, еже о нас, ради покаяния». Как увидим, здесь же был изображен и самый момент обращения царя на правый путь поучением священника Сильвестра в картинах об индийском царевиче Иоасафе и пустыннике Варлааме с его учительными притчами.
Другие картины уже из русской истории, украшавшие стены палаты, служили выражением тех же идей и представляли историю крещения Руси при св. Владимире и историю принятия Владимиром Мономахом царского венца и регалий для изъяснения современного события о венчании царским венцом молодого московского царя.
Стенопись палаты была распределена следующим образом. По самой средине свода, в небе, был изображен круг, а в кругу, ликом к южной стене, где стояло государево место, Еммануил сидит на небесных дугах, под ногами «колеса многоочитые, в левой руке держит потир злат, в правой палицу, у рук локти обнажены, в венце седмь клинов, подпись: „Исус Христос Еммануил“».
Около того круга простирался другой круг, в котором были изображены четыре евангелиста прообразованных, т. е. с изображением только одних их символов: льва (Иоанна), орла (Марка), тельца (Луки), ангела (Матфея).
Оба круга были обогнуты надписями, в верхней половине по золотому полю, в нижней – по празеленому. На золотом поле, поверх Еммануила, надпись гласила: «Бог отец премудростию своею основа землю и утверди веки» и «Благослови венец лету благости Твоея, Господи!». На празеленом поле надпись проходила в два ряда и гласила следующее: «Превечное Слово Отчее, иже во образе Божий сый и составляй тварь от небытия в бытие, иже времена и лета своею областию положей! Благослови венец лету благостию своею, даруй мир церквам Твоим, победы верному царю, благоплодие же земли и нам велию милость».
Затем около этого срединного изображения кругов во весь свод по самые шалыги, или пазухи, свода, т. е. до оконечностей свода, простирался большой круг, в котором были размещены остальные изображения, разделенные на две половины: восточную – к переходам Красного крыльца и западную – к Столовой избе.
В западной половине в средине от ног Еммануиловых до конца свода были написаны врата с золотыми затворами, во вратах, вверху, в раздвоившемся облаке – Ангел Господень со скипетром в правой и со свитком в левой руке. Под облаком и Ангелом среди врат стоял человек с посохом.
Под ногами человека был изображен змеиный круг, крылатый, в шесть крыл. В этом кругу, в средине, было изображено солнце, вверху меж крыл лице человече, обвитое змеиным хоботом (хвостом); по сторонам солнца справа меж крыл лице львово, затем ниже меж крыл глава орля; слева против каждого из этих двух изображений – глава змиина; внизу снова глава львова. Все главы и лики были обвиты змеиными хоботами, концы которых были обращены к солнцу.