На протяжении следующих 12-ти лет она была активной участницей общественной жизни Арканзаса в области здравоохранения и образования: установила нормы школьного расписания, размеров классной комнаты, а также ввела закон о необходимости тестирования учителей на профпригодность. Помимо защиты прав детей Хиллари беспокоила проблема гендерного неравенства, которую она пыталась разрешить в составе Совета директоров Американской ассоциации юристов, лоббируя интересы женщин-адвокатов.
20 января 1993 года Билл Клинтон начал обустраиваться в Белом доме, куда попал не без солидной поддержки жены, помогавшей с планированием его предвыборной кампании. За активное участие в предвыборной гонке, а также за бурную политическую деятельность в качестве Первой леди США избиратели дали Хиллари шутливое прозвище «сопрезидент».
В первую очередь перед Хиллари стояла острая необходимость проведения государственной реформы здравоохранения. В 1993 году правительство приняло разработанный ею комплекс мер, известный как «Программа здравоохранения Клинтона»: отныне каждый работодатель был обязан предоставлять медицинскую страховку сотрудникам. На этой должности женщина-политик пробыла около года, после чего ей пришлось покинуть пост из-за острой критики ее деятельности республиканцами.
Провал программы привел к снижению популярности демократов и, напротив, росту поддержки республиканцев. Число последних в Сенате и Белом доме увеличилось, а роль Хиллари в решении политических вопросов значительно ослабла.
В 1994 году супруги Клинтон стали главными фигурантами в деле корпорации Уайтвотер. Их подозревали в финансовом мошенничестве: на посту губернатора Арканзаса Билл Клинтон вложил деньги в строительную фирму, которая вскоре разорилась, а общая сумма потерь приблизилась к 45 миллионам долларов. Сам Клинтон тоже потерял значительную сумму (порядка 70 тысяч долларов), однако это не спасло его от обвинений: обанкротившиеся вкладчики считали, что в качестве губернатора он был обязан курировать деятельность фирмы. Масла в огонь подлил тот факт, что Хиллари состояла на службе в юридической фирме, обслуживавшей «Уайтвотер».
В 1998 году начался скандал из-за сексуальной связи Билла с 25-летней практиканткой Моникой Левински в кабинете главы государства. Информация об этом и последующее расследование привели к попытке импичмента Билла Клинтона в 1998 году, дело дошло до голосования в Палате Представителей по обвинению в лжесвидетельстве и воспрепятствовании правосудию.
В 1995 году Моника Левински, дипломированный специалист, была принята на работу в Белом доме. Общаясь с Президентом США Биллом Клинтоном, согласилась на сексуальную связь, которая продолжалась с ноября 1995 по март 1997 года (всего было, как утверждают, девять случаев орального секса). Затем она оставила Белый дом, чтобы работать в Пентагоне, и перестала общаться с президентом. Об этой истории Моника сообщила сотруднице отдела защиты Линде Трипп, которая тайно вела записи телефонных бесед. В январе 1998 года к делу приступил Кеннет Стар, который расследовал многие другие политические скандалы. Сообщения о скандале появились 17 января 1998 года на интернет-сайтах, 21 января 1998 года в газете «Вашингтон пост».
Позже Клинтон заявил: «Я не имел сексуальных отношений с этой женщиной, мисс Левински». Первая леди публично поддержала мужа во время скандала и заявила, что эта история — заговор правых сил против президента. 28 июля Левински под присягой заявила на суде присяжных, что имела сексуальные отношения с Клинтоном, включая оральный секс, что могло быть подтверждено вещественными доказательствами (остатки семенной жидкости на платье потерпевшей) и показаниями Трипп. 17 августа Клинтон заявил на суде, что «он имел неподобающие физические отношения с Левински». Однако ранее, в судебном процессе по делу Полы Джонс, Клинтон утверждал, что он не имел сексуальных отношений с Левински, что впоследствии послужило основанием для обвинения Клинтона в лжесвидетельстве. Защита Клинтона указывала на недоказанность понятия «сексуальные отношения».
Последним громким скандалом, связанным с Хиллари Клинтон, стало обнародование данных ее личной электронной почты, которой она пользовалась для осуществления служебной переписки во время работы на посту главы Госдепа США. Это считается преступлением государственной важности, так как несет угрозу безопасности страны из-за рассекречивания тайной информации. После спецпроверки личной почты бывшего госсекретаря США, удалось выяснить, что большая часть переписки Хиллари Клинтон не содержала секретных данных, а около полутора сотен писем все же признали конфиденциальными, поэтому их пришлось засекретить.