Однако, несмотря на все трудности и разногласия, положение Церкви к XIII веку было незыблемо. Даже инквизиция (существовала еще с III–IV вв. н. э., само слово употреблено впервые на Турском соборе 1163 года), которая с XIII века была передана в ведение монахов-доминиканцев, выносила в основном оправдательные приговоры. А только донос доказательством не считался, и обвинивший соседа в колдовстве, но не предоставивший доказательства доносчик мог по решению инквизиции выплатить в пользу пострадавшего и Церкви огромный штраф. Поэтому, несмотря на формальный догматизм, на многие вещи смотрели, что называется, сквозь пальцы. Расцвело увлечение оккультизмом и астрологией, а для этого велись исследования в области астрономии и небесной механики, переводились смелые труды арабских философов о гелиоцентричности мира. И хотя до математического обоснования Коперника оставалось ещё два столетия, идеи Птолемея о Земле как центре Вселенной уже тогда начинали отступать. Расцветает алхимия, многие знатные дворяне заводят личных алхимиков. Опять же стоит оговориться, что в обществе на тот момент царит «истинная» алхимия, смысл которой виделся «вернуть людям истину, потерянную в первородном грехе». И все исследования ведутся именно с этой точки зрения, а все алхимики — люди крайне набожные. Не зря Мануэль говорит, что если он вступил на путь свободного философа, алчущего тайны мира, ему не должно потакать греху земному. Эта «истинная» алхимия просуществует до XVII века, о чём мы можем судить по письмам Ньютона к Галлею. Алхимики же, преследовавшие узкокорыстную цель научиться превращать простые металлы в золото или на худой конец в серебро во все времена служили для истинных алхимиков объектом насмешек и ассоциировались в общественном мнении с нищими делателями золота. Их презрительно именовали лжеалхимиками и суфлерами — по названию воздуходувных мехов, которыми такие искатели, словно простые кузнецы, посильнее раздували огонь в печи, спеша сварить «философское яйцо», от которого до самодельного золота уже рукой подать…
Сочетание твёрдых позиций Церкви с очень неожиданной потребностью в грамотных людях, в юристах и так далее породило и ещё один дотоле не существовавший феномен: Университет (от латинского «universitas», первоначально — любое объединение людей, связанных общими интересами и имеющих особый правовой статус). А в городах появилась новая, непознанная и непонятная прослойка общества — школяры-студенты. И неважно, были ли это богатые пансионарии (то есть те, кому родительские деньги позволяли жить не думая о заработке), или стрижи (так звали студентов, которые на учёбу и пропитание зарабатывали сами), всё равно это были люди умеющие читать. Для Европы, где в отличие от Руси и Византии к этому времени не существовало разветвлённой сети светских и монастырских школ, а грамотные были редкостью, появление в крупных городах большого числа людей с очень широким для своего времени кругозором вызвало переворот в сознании.
Средневековые университеты тоже достойны отдельного упоминания. Формально первым высшим учебным заведением в Европе стал Константинопольский университет, основанный в 425 году и получивший статус университета в 848 году и называемый Магнаврской высшей школой, или иначе Пандидактерионом (греческое Πανδιδακτήριον). Там преподавали грамматику, риторику и философию, а также естественные науки — арифметику, геометрию, музыку и астрономию. Но своей главной задачей Магнаварская школа ставила всё же подготовку унифицированных высших чиновников, дипломатов, военачальников. И почти до самого падения Византии так и оставалась специализированным учебным заведением с соответствующими требованиями к профессуре. Но Европа, при малом количестве людей, способных обучать, привередливой к профессуре быть не могла, и приглашала в университеты любых выдающихся деятелей своего времени, не обращая внимания на их взгляды. Даже если эти взгляды зачастую шли вразрез с какими-то официальными догмами и научными положениями. В европейских университетах было четыре факультета: подготовительный (или младший) факультет искусств («семи свободных искусств» — то есть занятий, которые античные педагоги считали прерогативой свободного человека и противопоставляли механическим искусствам, предназначенным для рабов; в «свободные» включались грамматика, риторика, логика или диалектика, арифметика, музыка, астрономия и геометрия) и старшие факультеты: теологии, права и медицины. Во главе каждого факультета стоял декан. В университетах бурно обсуждались основные вопросы христианской доктрины, различные идеи и способы познания мира, совершались открытия в области математики, геометрии. Постепенно, не желая оставаться в жёстких рамках античных представлений, профессора и студенты занимались не только богословием и свободными искусствами, но и механикой, физикой и так далее. А Европа вместе с ними начинала свой долгий путь к Возрождению и научно-технической революции.