Крайне правые обвиняли администрацию Эйзенхауэра в «потере Кубы», которую на протяжении ряда десятилетий в США многие американцы считали своей сахарной плантацией и филиалом курортной зоны Майами-Бич. Не только в печати, но и в Конгрессе открыто обсуждались возможные силовые мероприятия против кубинской революции — экономическая блокада, различные виды военных действий, провокаций и диверсий. На формирование политики США в отношении Кубы оказывали заметное влияние представители американских монополий, имевших значительные капиталовложения на Кубе, в первую очередь в сахарные плантации.
Силовые действия в отношении Кубы начались ещё осенью 1959 года, после серии неудачных дипломатических попыток «угомонить» Фиделя. 24 сентября в провинции Пинар-дель-Рио была обезврежена первая группа контрреволюционеров с большой партией оружия, намеревавшаяся захватить аэропорт Баракоа в провинции Ориенте и превратить его в опорную базу для вторжения. В составе группы было два гражданина США: полковник Джим Смит и летчик Питер Лаутен.
21 октября 1959 года были сброшены две бомбы на сахарную плантацию Пунта Алегре. 27 октября правительство США опубликовало отчет о встрече посла США в Гаване Филиппа Бонсала с президентом Кубы Освальдо Дортикосом. В заявлении отмечалось, что правительство США «испытывает некоторую озабоченность в связи с тем, что в дружественных и сердечных отношениях между Кубой и США появляются признаки недоверия и враждебности». Американцы даже обещали принять «необходимые меры» против пиратских полётов самолётов с территории США на Кубу. Как сообщило агентство Assotiated Press, правительство Соединенных Штатов даже запретило «создание на территории США кубинского правительства в изгнании».
Однако 3 ноября президент Эйзенхауэр заявил, что «коммунисты ловят рыбу в мутных водах Кубы». Это заявление стало началом тайной войны США против Кубы.
Фидель Кастро терпеливо выжидал, не поддаваясь на провокации. В ответном заявлении кубинского правительства от 13 ноября 1959 года он подчеркнул, что «правительство Кубы никогда не смешивает американский народ с теми кругами, которые стремятся аннексировать Кубу и которые навязали ей поправку Платта и другие неравноправные соглашения»
В ответ на начатую американцами пока ещё не полную экономическую, а только лишь «сахарную блокаду», сводившуюся к ограничению покупок кубинского сахара, Фидель Кастро 15 октября 1959 года назначил на пост министра обороны Рауля Кастро, значительно более «левого», чем он сам. В США Рауля всерьёз считали коммунистическим агентом в правительстве Кубы. До этого момента Рауль занимал формальную должность руководителя военного крыла «Движения 26 июля». 29-летний Рауль Кастро возглавил новое министерство революционных вооруженных сил, которое пришло на смену министерству национальной безопасности.
В состав нового ведомства также вошли Повстанческая армия, Военно-воздушные силы, Военно-морской флот, а месяц спустя разведка и контрразведка. Рауль Кастро сосредоточил в своих руках управление всеми силовыми структурами страны. После этого назначения Рауль стал фактически вторым человеком в государстве. Рауль, как и Че Гевара, был сторонником установления отношений с СССР и к лету 1959 года, по указанию Фиделя, начал работать в этом направлении.
В октябре 1959 года Фидель начал создание двух поистине общенародных организаций, в которые затем было вовлечено максимальное количество кубинцев – Комитеты защиты революции и народная милиция – «милисианос», организованная по принципу народных дружин.
Комитеты защиты революции (КЗР), действовавшие в каждой муниципии, объединили всё взрослое население страны: жильцов дома, квартала, городского или сельского района. Они позволяли правительству отслеживать умонастроения в самой гуще народа, обеспечивая быструю и эффективную обратную связь. Это было крайне важно с учетом большого количества диверсий и провокаций, которым подвергалась Куба. Комитеты отслеживали не только перемещения людей, но и наблюдали за моральным обликом кубинцев, помогая выявлять неблагонадежных граждан. Члены комитетов регулярно участвовали в обходах домов с целью расстроить планы «вражеского проникновения». Один из иностранных корреспондентов назвал Комитеты защиты революции «глазами и ушами режима, которые контролируют страну и прислушиваются к настроениям населения». С годами значение этой организации только возрастало.
КЗР действуют на Кубе и сегодня. Именно они дают всевозможные «отзывы и характеристики», необходимые для жизни и работы в кубинских условиях. (По данным на начало 2007 года, в ста тысячах Комитетах защиты революции состояло около восьми из одиннадцати кубинцев).