В состав системы «А-35» входили: главный командно-вычислительный центр, РЛС дальнего обнаружения баллистических целей, стрельбовые каналы. Каждый из стрельбовых каналов должен был состоять из радиолокатора точного наведения (РТН), РЛС вывода противоракеты, станции передачи команд управления противоракетой и команды подрыва боевой части ПР, пусковых установок противоракет А-350, оснащенных двумя вариантами (обычной и ядерной) боевой части. Обычная БЧ разрабатывалась на основе конструктивных решений, реализованных в БЧ противоракеты В-1000.
Первоначально в системе «А-35» в соответствии с техническими требованиями сохранялись принцип «трёх дальностей», но в дальнейшем, после экспериментальной проверки на полигоне с пуском реальной БР по программе ОБП-16, дальномерный принцип был заменен одностанционным со снижением точности наведения противоракеты при компенсирующем её увеличении мощности ядерного боевого заряда. Частично изменились технические характеристики радиотехнических средств, увеличивались высота и дальность действия противоракет, средства поражения — ядерная боевая часть, поражение цели на встречно-пересекающихся курсах (в системе «А» — на строго встречных).
Планировалось, что система ПРО Москвы будет поставлена на боевое дежурство к 7 ноября 1967 года.
К осени 1960 г. автономные и совместные испытания по функциональным подсистемам системы «А» в основном были завершены. Проведено несколько десятков работ в разных боевых режимах.
Всю вторую половину 1960 г. велись интенсивные комплексные испытания системы «А». Было проведено десятка два боевых работ, но ожидаемого результата они не дали. Случались сбои в работе радиолокационных станций, управляющей ЭВМ.
На подготовку и проведение боевой работы обычно отводилось менее 40 минут расчетного времени, из которых 6–7 минут занимало обнаружение, сопровождение и уничтожение цели. Но фактически на каждую работу затрачивалось время в десятки раз больше расчётного из-за постоянных задержек готовности к пуску цели (баллистической ракеты) и отказов элементов испытываемой системы, выявляемых при проведении их функционального контроля.
Наиболее длительными оказывались задержки по причинам, не зависящим от сотрудников полигона. Вероятный противник внимательно отслеживал все, что делалось на полигоне. Мощнейшие по тем временам импульсы электромагнитных излучений радиолокационных станций обнаружения и сопровождения ракет скрыть было невозможно. Включение наших станций по команде «Готовность 30 минут» свидетельствовало о подготовке на полигоне боевой работы. По этой команде с сопредельных территорий в воздух поднимались самолеты-разведчики США и начинали барражировать вдоль нашей границы, записывая интересующие их сигналы, излучаемые нашей аппаратурой.
О появлении таких самолетов на нашей южной границе сообщали из штаба Среднеазиатского округа ПВО. С ЦИС немедленно на все объекты полигона выдавалась команда — «Задержка 2 часа», по которой радиолокационные станции прекращали работу не два, а на на несколько часов, пока у самолета-разведчика не кончится топливо, и он не улетит на свой аэродром. После этого снова объявлялась команда «Готовность 30 минут», и все начиналось сначала. Зачастую так повторялось многократно, а цикл боевой работы растягивался на несколько суток. Круглосуточная работа обеспечивалась сменными боевыми расчётами. У Григория Васильевича Кисунько в углу ЦИС стоял диван, на котором он проводил служебные разговоры и отдыхал при затянувшихся паузах в боевых работах.
Первая комплексная работа системы «А» прошла 24 ноября 1960 г. В этот день была произведена стрельба реальной противоракетой В-1000 по реальной цели – боеголовке ракеты Р-5 в замкнутом контуре управления. Из-за неготовности боевой части конструкции Козорезова, чтобы не срывать график проведения испытаний, решено было использовать альтернативную БЧ конструкции А.В. Воронова.
Сопровождение цели, вывод противоракеты в расчётную точку встречи и подрыв её боевой части проходили в заданном режиме. Цель была перехвачена в пределах радиуса поражения боевой частью противоракеты неядерного снаряжения. Однако определить степень поражения головной части баллистической ракеты не представилось возможным, поскольку вместо ядерного заряда в ней использовался весовой макет – стальная плита. Анализ обломков упавшей на землю боеголовки показал, что боевая часть конструкции А.В. Воронова не обеспечила поражение головной части баллистической ракеты. По результатам пуска было принято решение «вороновскую» БЧ не использовать. Впредь все противоракеты оснащались только боевой частью конструкции Козорезова.
Под самый конец 1960 года на полигон прибыл генеральный конструктор ОКБ-52 Министерства авиационной промышленности академик Владимир Николаевич Челомей в сопровождении Сергея Никитича Хрущёва.