Вернувшись в Филадельфию, он застал борьбу федералистов и демократов в полном разгаре. Средние и низшие классы населения и мелкие штаты поддерживали демократическую партию конгресса; богатые же классы общества и крупные штаты стояли на стороне федералистов. Вашингтон понимал, как глубоко коренятся причины раздора как в конгрессе, так и в обществе, и предвидел неизбежность гражданской войны в недалеком будущем. Своих министров – Гамильтона, представителя федеральной партии, и Джефферсона, представителя партии демократической, – Вашингтон всячески старался примирить. Сам он сочувствовал в данном случае Гамильтону; но не мог не ценить талантливого, энергичного Джефферсона. Однако все усилия Вашингтона примирить этих двух людей не привели ни к чему. Политическая борьба обоих министров мало-помалу перешла в личную вражду. К чести Джефферсона надо заметить, что, оспаривая проекты Гамильтона в печати и в конгрессе, он свято подчинялся конституции и, раз проекты его противника были приняты конгрессом, всячески содействовал их осуществлению.
Наступил последний год президентства Вашингтона. Его сильно тянуло в Маунт-Вернон, где хотелось дожить свои последние годы; но и на этот раз не суждено ему было освободиться от тяжелых обязанностей главы государства. Письма друзей, петиции от разных обществ, настояния всех членов кабинета и сознание, что он один может примирить до некоторой степени разногласия, царящие в обществе, заставили Вашингтона после упорной внутренней борьбы еще раз выступить кандидатом на президентство. В начале 1793 года он опять был единогласно избран президентом Соединенных Штатов.