Теодрос II реорганизовал административную систему Эфиопской империи, разбив страну на более мелкие округа и назначив туда своих людей. Он также изменил систему сбора налогов. Теперь налоги должны были поступать в императорскую казну, а не в руки местных феодалов. Император попытался лишить крупных феодалов права иметь собственные армии и судебные органы. Особым указом ныгусэ нэгэст Теодрос II запретил в Эфиопии работорговлю. В этом же указе всем подданным было предписано найти себе работу. Императорский указ требовал, «чтобы крестьяне вернулись к земледелию, купцы к торговле и каждый человек к своей работе».
Вскоре после обнародования этого указа к императорскому двору прибыла группа людей, которая заявила, что не может выполнить указ о возвращении к своей работе. Так как они всю жизнь занимались только разбоем и грабежами, пребывая в отрядах шифта. Теодрос II выслушал их спокойно, а затем сказал, чтобы они приходили на императорский двор через несколько дней вместе с другими участниками шифта, и тогда он определит какую работу им предоставить.
Когда разбойники прибыли к императору снова, на этот раз в большем количестве, так как явились банды шифта со многих окрестных местностей, Теодрос II приказал своей гвардии окружить их и расстрелять всех. С помощью таких мер императору удалось повысить безопасность путей сообщения и торговли в Эфиопии. Теодрос II издал закон о том, что каждый христианин может иметь только одну жену. И даже удалил всех своих наложниц, стремясь показать пример.
Во внешней политике Теодрос II стремился обеспечить выход Эфиопии к Красному морю, чему препятствовали египетские войска, занимавшие порты. Египетский гарнизон появился даже в Харэре. В качестве союзника для борьбы с мусульманами Теодрос II пытался привлечь Британскую империю. Надежду на это императору дала беседа с британским консулом в Массауа Уолтером Плоуденом. Последний нанёс визит императору 25 июня 1855 года и поддержал намерения Теодроса II. Тогда предложения Плоудена о поддержке планов эфиопского императора были одобрены генеральным консулом в Египте лордом Брюсом и министром иностранных дел Джорджем Кларендоном. Но очень скоро позиция Лондона изменилась на противоположную. Там сообразили, что выход Эфиопии к морю ослабит Османскую империю. А Британская империя всячески поддерживала Турцию против России. И даже вела в это время совместно с османами и французами Крымскую войну против Российской империи. Таким образом, британская русофобия вышла боком Эфиопии и лично Теодросу II. Все планы поддержки Эфиопии были в Лондоне отброшены, чтобы они хотя бы косвенно не усилили Россию.
Но Теодрос II ничего не знал о патологической русофобии англосаксов и, наверное, вообще о России не думал. И продолжал надеяться на британскую помощь.
В это время умерла Тоуабэч, что стало тяжёлым ударом для Теодроса II. Императрицу похоронили в Гыше. Был объявлен многодневный траур, во время которого в районе Гондэра поднял мятеж сын дэджазмача Кынфу Гарэд, стремившийся установить свою власть над областью Амхара.
В феврале 1860 года Уолтер Плоуден заболел и решил выехать в Англию на лечение. Но когда вместе с Джоном Биллом он выехал из Гондэра, на дипломатов напал отряд Гарэда – одного из феодалов, восставших против императора. Плоуден был смертельно ранен и вскоре скончался. Войска Теодроса II, конечно, энергично преследовали бунтовщиков. Теодрос настиг войско Гарэда и разгромил его, а пленным приказал отрубить руки и ноги.
Британское правительство сочло себя удовлетворённым и не выражало претензий к Эфиопии. Но для Теодроса II гибель Плоудена, сторонника дружеских отношений Британии с Эфиопией, с мнением которого считались в министерстве иностранных дел, была большой потерей.
Едва Теодрос II подавил восстание Гарэда, как в окрестностях озера Тана начался новый мятеж под предводительством Бырру-Хайлу. Император разбил и его воинство, но Бырру-Хайлу укрылся на озёрном острове. Теодрос II посадил солдат в лодки, атаковал остров и разбил бунтовщиков. В этом бою Бырру-Хайлу был убит. В провинции Годжам восстание против императора возглавил её правитель дэджазмач Тэдла-Гуалу. Он располагал крупными воинскими формированиями и император только готовился к войне, когда в 1860 году Тэдла-Гуалу заболел и умер.
Но самым крупным восстанием против Теодроса II был мятеж дэджазмача Ныгусэ в провинции Тигре. В 1858 году Ныгусэ захватил всю северную Эфиопию и провозгласил себя ныгусэ. Стремясь к короне ныгусэ нэгэст, в ноябре 1859 года Ныгусэ отправил послов к императору Франции Наполеону III и римскому папе Пию IX с богатыми дарами и просьбой о помощи. Во главе эфиопского посольства, прибывшего в Париж в январе 1860 года, стоял абба Ымнату, эфиопский католик. Посольство приняли в Париже благосклонно и обещали помощь. Ко двору Ныгусэ был отправлен капитан де Рюссель для налаживания непосредственных контактов.