Насаждение старого гелиополитанского культа солнечного бога Аменхотепом не могло понравиться египтянам, поскольку было слишком философским по характеру и, вероятнее всего, основывалось на эзотерических, имевших иностранное происхождение доктринах. Архитекторы Гер и Сути, надзиравшие за строительством храмов Амона в Фивах, соглашались следовать примеру своего хозяина Аменхотепа III, преклонявшего колена перед Атоном, и, как и многие другие официальные лица, воспевать его в гимне. Но для них не была тайной религиозная терпимость их хозяина, по крайней мере внешне вполне лояльного к Амону, кровь которого, как утверждали жрецы, текла в царских жилах. Для Аменхотепа III было не принципиально — богом больше или богом меньше, и он считал естественным то, что каждый жрец преувеличенно восхваляет могущество своего бога. Он не возражал против того, чтобы считаться «двойником» Амона и, в качестве такового, стать объектом поклонения. Но его сын был иным. Тепло Атона дало ему жизнь, и поддерживало ее в нем, и, пока в нем теплилась жизнь, Атон был в нем. Жизнь Атона была его жизнью, и его жизнь была жизнью Атона: следовательно, он был Атоном. Духовное высокомерие позволило ему поверить, что именно он является воплощением бога Атона, иными словами, что он и есть бог, причем не просто «местный бог» или один из «богов» Египта, и что его деяния священны. Посему он считал, что нет необходимости посещать храм Амона, чтобы получить ежедневную порцию «воды жизни», которая не только поддерживала физическое здоровье египетских фараонов, но давала им мудрость и проницательность, необходимые для управления страной. Не был он склонен и приближать к себе высших жрецов Амона. В конце концов он решил, что с Амоном и прочими богами следует покончить, а догмы и доктрины их жречества ликвидировать, после чего провозгласить Атона Единственным богом, сотворившим себя и поддерживающим свое существование,
Очевидно, что, не обдумав возможных последствий такого решения, Аменхотеп приступил к делу и начал строительство храма Гем-Атон в Пер-Атон