В октябре 1946 года приказом МГБ СССР 4-е управление, которым руководили Судоплатов и Эйтингон, было упразднено. Однако еще до его расформирования в мае того же года в системе МГБ был создан самостоятельный Отдел «ДР» (подготовка к развертыванию в случае войны разведывательно-диверсионной работы против военно-стратегических баз США и их союзников, расположенных вокруг СССР), начальником которого был назначен генерал-лейтенант Судоплатов. В феврале 1947 года генерал-майор Эйтингон, вернувшийся в Москву из командировки, был назначен заместителем Судоплатова. Главной задачей Отдела «ДР» являлась организация специальной агентурно-разведывательной работы за рубежом и внутри страны.
Одновременно с этим Эйтингон продолжал активно заниматься и чисто разведывательной работой. Так, в 1946–1947 годах он занимался подготовкой к выводу за рубеж разведчика-нелегала Вильяма Фишера (Рудольфа Абеля).
В это же время ему довелось выполнять специальные задания руководства МГБ СССР на Востоке.
С начала 1930-х до конца 1940-х годов органы государственной безопасности СССР проводили специальные операции на северо-западе Китая — в провинции Синьцзян, также именовавшейся Восточным Туркестаном и Джунгарией, стратегически важном районе с большим количеством сырья и минералов — нефти, золота, платины, железной руды, меди.
В конце 1946 года Эйтингон был вновь направлен в Китай, на этот раз — на его северо-запад. Специальным решением Сталина на разведчика было возложено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности компартии Китая в подавлении сепаратистского движения мусульман-уйгуров в китайской провинции Синьцзян, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и английская разведка, и установлении полного контроля над этим стратегически важным районом.
С глубокой древности эта территория была предметом споров и войн между тюркоязычным и монголоязычным народами. Процесс тюркизации Синьцзяна начался еще в середине VI века, когда правители Тюркского каганата[8]
распространили свою власть на обширных территориях от Европы до Китая. В середине VII века территория Синьцзяна вошла в состав китайской империи Тан. Затем эта территория входила в состав Уйгурского каганата, завоевывалась Монгольской империей.С XVIII века этими землями владела китайская империя. В 1760 году в составе Цинской империи здесь было образовано наместничество, получившее название Синьцзян — «новая граница, новая земля».
Еще в 1870-х годах, после мятежа мусульманского населения под руководством Якуб-бека против императорской власти в Китае, по просьбе китайских властей в Синьцзян была предпринята интервенция русской армии. Выступление мятежников было подавлено, после чего Россия передала Синьцзян Китаю согласно Петербургскому договору 1881 года. Тогда же в ряде городов провинции были учреждены российские консульства.
После окончания Гражданской войны в России в Синьцзяне находилось несколько тысяч солдат и офицеров армии белого генерала Александра Дутова, участников Западно-Сибирского крестьянского восстания 1921 года и басмачей из Средней Азии.
К этому времени численность населения Синьцзяна насчитывала более четырех миллионов человек, из них 3,5 миллиона уйгуров, более 400 тысяч казахов, около 250 тысяч ханьцев (китайцев) и более 100 тысяч дунган. Остальное население составляли киргизы, монголы, русские, узбеки, татары и маньчжуры. Наиболее политически активные уйгуры и дунгане были мусульманами, что являлось фактором дополнительной напряженности в отношениях с китайцами.
Центральное правительство охваченного гражданской войной Китая слабо контролировало Синьцзян. В 1933 году власть в столице Синьцзяна Урумчи захватил начальник штаба Синьцзянского военного округа Шен Шицяй, опиравшийся на русский полк из бывших белогвардейцев под командованием полковника Поппенгута. Новый дубань (правитель) Синьцзяна выдвинул шесть основных направлений своей политики: антиимпериализм, дружба с СССР, национальное равенство, неподкупность правительства, мир и реконструкции.
В конце 1933 года в результате конфликта с центральным правительством большую часть Синьцзяна заняла 36-я дивизия, состоявшая в основном из дунган. В январе 1934 года Шен Шицяй обратился к СССР за помощью. Советское руководство, справедливо опасаясь появления у границ СССР нового японского сателлита, приняло решение об оказании военной помощи. В Синьцзян была введена группа войск Красной армии с танками, авиацией и артиллерией. В боях 36-я дивизия была разгромлена.
В конце апреля 1934 года советские войска вышли из Синьцзяна, оставив кавалерийский полк численностью около тысячи человек с танками и артиллерией и несколько десятков военных советников.
СССР также способствовал вооружению армии дубаня. Шен Шицяй получил крупную партию вооружения, включая авиацию, для борьбы против японских интервентов.