Как уже отмечалось выше, в 1921 году чекисту Эйтингону не раз приходилось выезжать с оперативными группами на ликвидацию вооруженных банд. В ходе одной из таких операций в октябре 1921 года в районе села Давыдовка Гомельской губернии Наум был ранен в ногу, после чего в течение четырех месяцев находился на излечении. Однако боли в ноге остались до конца жизни. Историк советских спецслужб Эдуард Шарапов по этому поводу писал: «Врачи настаивали на ампутации ноги. Эйтингон, уже лежавший на операционном столе, вынул маузер. Этот довод убедил медиков».
В декабре 1921 года председатель Гомельской губчека Николай Волленберг был переведен на аналогичную должность в Стерлитамак, являвшийся в то время столицей Башкирской автономной республики (Уфа стала столицей Башкирской АССР 14 июня 1922 года). Как это часто бывает, с учетом предстоящей там серьезной оперативной работы вместе с собой он пожелал взять некоторых своих подчиненных, в том числе двух своих заместителей — Наума Эйтингона и начальника секретно-оперативной части Владимира Алексеева. Москва дала согласие.
Из госпиталя Наум Эйтингон вышел только в марте 1922 года. Он сразу был назначен членом коллегии Башкирского отдела ГПУ и вскоре выехал в Стерлитамак.
В конце 1921 года в Башкирии возникла критическая ситуация: в республике сложились ненормальные отношения между местной ЧК и национальным башкирским руководством. Несмотря на то что в Башкирии уже была установлена советская власть, некоторые местные советские работники, не разобравшись в обстановке, а иногда и отдавая дань пережиткам прошлого, проявляли открытое недоверие к башкирским руководителям. Ответной реакцией стали вспышки буржуазного национализма среди башкир. Обострилась национальная рознь между башкирами и татарами. Тяжело сказались на настроениях людей неурожай и голод.
Не все шло гладко в Башкирии и с созданием местного государственного аппарата, регулярно возникали разногласия на почве межнациональных отношений. Чтобы исправить создавшееся положение, ЦК РКП(б) принял решение сменить руководство ЧК автономной республики.
Положение в республике усугублялось еще и тем, что башкирское население оставалось крайне недовольным проведенной до революции Столыпинской аграрной реформой, в результате которой переселенцы из Центральной России получили лучшие земельные наделы. Этим обстоятельством воспользовались башкирские националисты, которые выдвинули лозунг «Всю землю Башкирии — только башкирам». Таким требованием, в свою очередь, были недовольны татары, являвшиеся более развитыми в экономическом отношении.
Лидером башкирских националистов стал 27-летний сын сельского муллы Ахмет-Заки Валидов, получивший хорошее образование. В марте 1919 года была создана Башкирская автономная республика в составе РСФСР. Валидов возглавил Башкирский ревком и вскоре вступил в РКП(б). Именно при нем начались гонения на лиц татарской и русской национальностей. Ситуация осложнилась еще и тем, что в 1920 году в Белебеевском, Бирском и Мензелинском уездах Башкирии вспыхнуло крестьянское восстание, получившее название «Черный орел» и проходившее под оригинальным лозунгом «Долой коммунистов, да здравствуют большевики и свободная торговля».
Как отмечалось выше, в декабре 1921 года председателем Башкирской ЧК был назначен видный чекист Николай Львович Волленберг, его заместителями и членами коллегии стали Владимир Алексеев и Наум Эйтингон.
Николай Волленберг, немец по национальности, родился в 1892 году в Витебской губернии. В ноябре 1917 года являлся одним из организаторов Красной гвардии в Белоруссии, в том же году вступил в РКП(б). С января 1920 года — сотрудник ВЧК, председатель Гомельской губернской ЧК. Объединил под своим руководством группу талантливых молодых чекистов, позднее ставших видными советскими разведчиками, среди них — Наум Эйтингон, Владимир Алексеев-Железняков, Павел Корнель и другие.
6 июля 1922 года Волленберг был утвержден начальником Башкирского республиканского ГПУ. Позже был переведен в центральный аппарат ОГПУ в Москву. Длительное время являлся заместителем начальника Восточного отдела ОГПУ, а фактически руководил этим отделом, вскоре вошедшим в И НО, так как его начальник Яков Петерс был перегружен партийной работой.
В 1928–1930 годах Волленберг являлся полпредом ОГПУ по Казахстану. Затем был приглашен начальником внешней разведки Артуром Артузовым на работу в ИНО. В начале 1933 года направлен на оперативную работу в Иран в качестве руководителя тегеранской резидентуры.
В августе 1934 года Волленберг прибыл в Москву в отпуск. Руководство разведки высоко оценило его деятельность в Тегеране и… объявило о решении направить на руководящую разведывательную работу в другую страну. Этой страной была Польша, занимавшая по отношению к СССР открыто враждебную позицию. В ноябре 1934 года Волленберг выехал в Данциг (так в 1308–1466 и 1793–1945 годах назывался польский город Гданьск), где возглавил резидентуру ИНО ГУГБ НКВД под прикрытием вице-консула СССР.