В ходе проведения реформы был принят ряд важных решений по дальнейшему совершенствованию хозяйственного механизма. Постановление Совета Министров СССР от 27 января 1967 г. «О мероприятиях по улучшению организации и планирования материально-технического снабжения» предусматривало организацию оптовой торговли средствами производства и последовательное расширение ее с тем, чтобы осуществить последовательный переход к плановому распределению материально-технических ресурсов путем оптовой торговли. В 1967 г. был проведен всеобщий пересмотр оптовых цен, ликвидирована убыточность угольной, лесной и ряда других базовых отраслей промышленности.
В то же время выявились и значительные недостатки. В процессе осуществления экономической реформы возник ряд трудностей, связанных с недостаточной теоретической разработкой отдельных проблем экономической науки, с медленным внедрением уже законченных исследований и практических рекомендаций. Так, выявилось противоречие между системой хозяйственного расчета промышленных предприятий и методами управления ими со стороны вышестоящих хозяйственных органов – производственных объединений, главков, отраслевых министерств, многие из которых продолжали придерживаться преимущественно административных методов руководства. Сохранились практика корректировки планов, дефицит сырья, материалов, тормозящие развитие инициативы предприятий, не было создано соответствующее правовое обеспечение. Поэтому была поставлена задача добиться цельной системы хозрасчетных отношений во всем хозяйственно-производственном комплексе – от участка и цеха до предприятия, главка, министерства.
В ходе реформы выявилось несоответствие между повышением производительности труда и ростом заработной платы, обусловленное недостатками в планировании. Поощрительные фонды предприятий образовывались по нормативам, выраженным в процентах к фонду заработной платы, в то время как сами фондообразующие показатели могли быть улучшены без изменения производительности труда.
Намечаемого расширения самостоятельности основного производственного звена не произошло. Определение утверждаемой вышестоящими организациями номенклатуры производства было отдано на усмотрение министерств. Министерства продолжали диктовать предприятиям массу показателей, включая валовую продукцию, себестоимость, численность работников. Фактически сохранилась оценка деятельности коллективов в зависимости от выполнения плана. За невыполнение плана по основным оценочным показателям руководящие работники предприятий лишались всех премий (не говоря уже об административных взысканиях). Это заставляло хозяйственников, как и раньше, скрывать резервы. Постоянные пересмотры производственных программ и нормативов отчислений в ФЭС приводили к аналогичным последствиям. Стимулирующий эффект системы материального поощрения был, кроме того, ограничен невысоким удельным весом средств, идущих на стимулирование. Фонд материального поощрения составлял в среднем лишь 10 % от фонда заработной платы. У предприятий были слабые стимулы повышать производительность труда, так как ФМП определялся в процентах к фонду заработной платы, что создавало при определенных условиях прямую зависимость между трудоемкостью и фондом поощрения.
Принципиальное значение имел вопрос о единых отраслевых или групповых нормативах образования ФЭС. В то время обсуждались и проходили практическую проверку различные критерии группировки предприятий – однородность выпускаемой продукции, общий объем производства, доля фонда заработной платы в общих затратах, другие технико-экономические показатели строения фондов. Однако эта задача так и не была решена. На практике в одну группу попадали предприятия, находящиеся в различных условиях, что вело к неоправданной дифференциации фондов по предприятиям. На 30 заводах Ленинграда, перешедших на новую систему планирования и стимулирования, колебания в темпах прироста среднего заработка (с учетом премий) за 1966 г. были значительны – от 0 до 9,1 %. Задача преодоления необоснованной дифференциации вынуждала министерства идти на индивидуализацию нормативов. Заметную дестимулирующую роль играло то, что на фактический размер премий решающее влияние оказывала не норма, масса или динамика чистого дохода, а установленные шкалы образования фонда поощрения. Так, соотношение стимулирования за показатели роста реализации продукции (или прироста прибыли) и уровня рентабельности колебались на заводах Ленинграда от 1:3 до 5:1.
Не удалось осуществить количественную оценку внешних для предприятий факторов с помощью фиксированных платежей. Эти платежи пытались применить в легкой промышленности – для изъятия у предприятий, выпускавших высокорентабельную продукцию, избыточной прибыли в ряде отраслей добывающей промышленности – для нивелировки различий горно-геологических условий. Как правило, в качестве этих платежей изымалась почти вся прибыль, превышавшая среднеотраслевой уровень вне зависимости от ее источников.