Война надвигалась. Весь Тайный совет, за исключением лорда — хранителя печати Николаса Бэкона, выступал за открытие военных действий. Королева была против, вполне разделяя мнение прижимистого лорда-хранителя: страна в долгах и не вынесет бремени войны, дворянство в нужде, духовенство обобрано казной, горожане и крестьяне не в состоянии собрать деньги на содержание армии. Елизавета сдалась лишь в феврале 1560 года, когда стало ясно, что шотландские протестанты безнадежно проигрывают. Доводы ее рассудка уступили религиозным симпатиям большинства ее советников и общественному мнению. 27 февраля в Бервике лидеры шотландских мятежников предложили королеве Англии взять их страну под свой протекторат, и англичане начали открытую интервенцию под лозунгом защиты протестантизма. Не дав опомниться Франции, при попустительстве католической Испании и всеобщем одобрении кальвинистов в Нидерландах, они стали быстро одерживать верх. Успех, однако, не радовал Елизавету, продолжавшую ссориться с Сесилом из-за шотландских дел, «которые ей совсем не нравились».
6 июля 1560 года в Эдинбурге был подписан договор, закреплявший победу англичан и шотландских протестантов в этой войне. Поскольку Мария Гиз к этому времени умерла, власть передавалась регентскому совету шотландских протестантских лордов, протестантское вероисповедание становилось официальным, французские войска покидали остров. Последнее было реальным достижением англичан, гарантировавшим их относительную безопасность. Однако Елизавета и ее совет надеялись извлечь из своей победы еще больший политический капитал. Королевской чете в Париже — Франциску II и Марии Стюарт — было предложено навсегда отказаться от включения в свои гербы герба Англии, то есть от каких бы то ни было претензий на ее трон (позднее историки назовут англошотландскую войну «войной инсигний» — знаков королевского достоинства). Франциск и Мария не ратифицировали Эдинбургский договор и не сняли своих претензий на английскую корону. С точки зрения Елизаветы, война оказалась бесплодной: она лишь обострила отношения с Францией, не устранив соперников. Это была странная победа, которая не радовала молодую победительницу; как бы ни льстил ей Сесил, превознося успех, одержанный на первом же году ее царствования, в период «ее девичества», как бы ни ликовали протестанты в Европе, называя ее верной защитницей «общего дела», Елизавета оставалась безучастна к нежеланному триумфу, как будто предчувствуя множество бед, которые он принесет ей в будущем. И ее интуиция стоила мнений всех ее мудрых советников вместе взятых. Свою вторую войну Елизавета проиграла и не столько реальному противнику, сколько силе более грозной — чуме.
История со сползанием к войне повторилась во всех подробностях в 1562 году. На этот раз королеву толкали ввязаться в распрю между католиками и протестантами-гугенотами во Франции. События там приобрели драматический оборот. 1 марта 1562 года люди Гизов напали на гугенотов во время церковной службы в местечке Васси и устроили кровавую резню. Это известие всколыхнуло гугенотов на юге и по всей стране, и во Франции началась гражданская война. Гугенотам приходилось туго, и один из их лидеров — принц Конде — обратился за помощью к Англии. У Елизаветы начинала складываться стойкая репутация покровительницы протестантов во всей Европе, но, Боже, как она этого не хотела! Она снова цеплялась за каждый предлог, малейшее сомнение, чтобы не вступать в конфликт, снова ее осаждал Сесил со своими выкладками «за» и «против», и снова, по его мнению, все было — «за». Если бы гугенотам удалось нанести поражение католикам, партия Гизов, а вместе с ней и угроза английскому престолу со стороны их ставленницы Марии Стюарт, были бы навсегда устранены. Более того, гугеноты были не прочь уступить англичанам на время какой-нибудь из французских портов, Гавр, например, или Дьепп, чтобы после победы он послужил гарантией возвращения Англии Кале. Эта возможность была слишком соблазнительной, чтобы ее упустить. С современной точки зрения Елизавету можно обвинить в захватнических устремлениях, но если сами французы торговали собственной землей, должна ли она была быть более щепетильной? Кроме того, Кале веками считался английской собственностью, и его утрата в 1559 году нанесла тяжелый удар по национальному самолюбию англичан; возврат порта, с их точки зрения, только бы восстановил справедливость. В конце концов сопротивление королевы было сломлено, и, к великой радости протестантов, она отдала приказ о посылке английского контингента в Гавр. Сама Елизавета так описывала свои сомнения и противоречивые чувства: «Когда я увидела, что мои советники и мои подданные считают, будто я слишком близорука, слишком туга на ухо и слишком недальновидна, я стряхнула с себя дремоту, сочтя себя недостойной управлять королевством, которым я владею».