Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»);
Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта («Управление Т»);
Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К»);
Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление «М»);
Организационно-аналитическое управление;
Административная служба.Информационно-аналитическое управление;
Управление координации оперативной информации (УКОИ);
Отдел открытой информации.Управление кадров;
Организационно-штатная служба;
Инспекция по личному составу.Финансово-экономическое управление;
Контрольно-ревизионная инспекция;
Управление материально-технического обеспечения (УМТО).Подразделения центрального подчинения ФСБ РФ:
Следственное управление ФСБ РФ;
Инспекторское управление ФСБ РФ;
Управление кадров ФСБ РФ;
Инспекция по личному составу ФСБ РФ;
Девятое управление (собственной безопасности) ФСБ РФ;
Управление делами ФСБ РФ;
Приемная ФСБ РФ (на правах отдела);
Договорно-правовое управление ФСБ РФ;
Служба специальных мероприятий ФСБ РФ;
НИИ информационных технологий ФСБ РФ;
Центр безопасности связи ФСБ РФ – создан на базе Главного управления безопасности связи ФАПСИ;
Центр информационной безопасности ФСБ РФ – создан на основе Управления компьютерной и информационной безопасности департамента контрразведки;
Оперативно-поисковое управление (ОПУ) ФСБ РФ;
Управление оперативно-технических мероприятий (УОТМ) ФСБ РФ;
Управление программ содействия ФСБ РФ;
Центр общественных связей ФСБ РФ;
Управление регистрации и архивных фондов (УРАФ) ФСБ РФ;
Центральный архив ФСБ РФ;
Научно-исследовательский центр ФСБ РФ;
Следственный изолятор ФСБ РФ;
Управление радиоконтрразведки (управление «Р») ФСБ РФ;
Управление специальной связи ФСБ РФ;
Центр по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны ФСБ РФ;
Управление научно-технического обеспечения (УНТО) ФСБ РФ;
Военно-медицинское управление (ВМУ) ФСБ РФ;
Военно-строительное управление ФСБ РФ;
Комендантская служба ФСБ РФ;
Дежурная служба ФСБ РФ;
Служба международных связей ФСБ РФ;
Десятый отдел (военно-мобилизационный) ФСБ РФ;
Академия ФСБ РФ [20] .* Для справки: направление – до 7 сотрудников, отдел – от 8, управление – от 55 человек По указу Президента РФ Бориса Ельцина «Об утверждении Положения о Федеральной службе безопасности Российской Федерации и ее структуры» штатная численность военнослужащих центрального аппарата ФСБ с 1 января 1999 года утверждается в количестве 4000 человек (ранее 6000 сотрудников).