Управление «А» (аналитическое);
Управление «П» (с сентября 1980 года по 25 октября 1982 года) – «защита интересов обороноспособности и экономического развития СССР»;
Управление «Т» – обеспечение безопасности на транспорте – (создано в сентябре 1973 года) оперативное обеспечение МГТС, Минсвязи, Минморфлота, Минрыбхоза, Минречфлота, Министерства гражданской авиации (МГА), центрального аппарата ДОСААФ и их объектов; организация контрразведывательной работы на железных дорогах, по линии международных, авиационных, морских и автомобильных перевозок, обеспечения специальных и особо важных перевозок.
Самостоятельные отделы, входившие в структуру центрального аппарата Второго Главного управления КГБ ССР:
1-й отдел (США и Латинская Америка);
2-й отдел (Великобритания и страны Британского Содружества);
3-й отдел (ФРГ, Австрия и страны Скандинавии);
4-й отдел (Франция и остальные страны Европы);
5-й отдел (Япония, Австралия);
6-й отдел (развивающиеся страны);
7-й отдел (туристы);
8-й (остальные иностранцы);
9-й отдел (студенты);
10-й отдел (журналисты, служба безопасности таможни);
Отдел по борьбе с терроризмом.