Рано утром 22 августа последние воинские подразделения покидают Баткен и направляются к местам своей постоянной дислокации. В конце того же дня группа боевиков численностью около 30 человек захватывает села Зардалы и Ходжа-Ачкан Баткенского района Киргизии, захвачен также временный поселок геологов в местечке Жылы-Суу. Бандитами захвачены командующий внутренними войсками МВД Киргизии генерал Анарбек Шамкеев (был освобожден через два месяца после длительных переговоров с боевиками), солдат срочной службы, четверо японских геологов и их переводчик. По мнению руководителей киргизских силовых структур, это то же самое бандформирование, которое вторглось на территорию Киргизию из Таджикистана 31 июля. «Силовые структуры предпринимают меры по блокированию боевиков в захваченных ими населенных пунктах. По некоторым сведениям, на поддержку к бандитам из Таджикистана направляется новая группа боевиков численностью до 200 человек».
Ночью с 23 на 24 августа в результате попытки боевиков спуститься в долину в 5 км восточнее села Кан начался бой. По официальной информации из Министерства внутренних дел Киргизии, боевики отступили в глубь ущелья. По уточненным данным, на 24 августа боевиков уже не менее двухсот человек, и они относятся к непримиримой исламской оппозиции, которая базируется в Джиргатальском и Гармском районах Таджикистана и которую возглавляет Джума Намангони. Непосредственно в Баткенском районе Киргизии боевиками командует полевой командир Азизхан.
24 августа – в прямой связи с событиями в Баткене – указом президента Аскара Акаева отправлен в отставку министр обороны генерал-полковник Мырзакан Субанов. Непосредственное руководство боевыми действиями на юге республики возложено на командующего Национальной гвардией республики генерал-лейтенанта Абдыгула Чотбаева.
В тот же день в Бишкеке начался саммит так называемой «Шанхайской пятерки». Среди прочих в повестке дня стоит и вопрос о сотрудничестве в области борьбы с международным терроризмом, религиозным экстремизмом, сепаратизмом и незаконным оборотом наркотиков.
25 августа. Боевиков, по последним данным, уже более трехсот пятидесяти человек. Согласно источникам в правоохранительных органах Узбекистана, этот же отряд, который состоит из узбеков, таджиков, арабов и афганских пуштунов, еще 20 августа совершил нападение на метеостанцию близ границы с Таджикистаном (ледник Абрамова). Бандиты захватили 10 сотрудников метеостанции и 6 местных туристов. Метеорологов позже отпустили. В Министерстве национальной безопасности Киргизии есть информация о том, что небольшими группами пробираются через киргизскую территорию в Узбекистан не менее тысячи человек. Состоялись телефонные переговоры между президентом Киргизии Аскаром Акаевым и премьер-министром Японии Кэйдзо Обути по поводу находящихся в заложниках японских граждан. Ситуацию в Баткенском районе и совместные действия Киргизии и Таджикистана по уничтожению боевиков Аскар Акаев обсуждал и с таджикским президентом Эмомали Рахмоновым.
25 августа в ходе ночного боя боевикам удалось захватить еще два села, и, таким образом, они контролируют уже пять населенных пунктов. Ночью с 24 на 25 августа террористами взорван мост через реку Сох, связывающий ущелье, где находятся боевики, с Баткеном. Таким образом, бандиты отрезали от себя группировку правительственных подразделений. По данным разведки, общая численность боевиков в Баткенском и Чон-Алайском районах достигает уже тысячи человек.
28 августа Киргизия, Казахстан, Таджикистан и Узбекистан подтвердили единство позиции в отношении преступных действий бандформирований на юге Киргизии. Они квалифицируются как акции терроризма, поддерживаемые непризнанными международным сообществом организациями из других стран.
29 августа с обращением к народу республики выступил президент Киргизии Аскар Акаев.
Объявлен указ президента о назначении нового министра обороны – им стал Эсен Топоев, работавший до сих пор секретарем Совета безопасности республики.
30 августа. Два самолета неустановленной принадлежности подвергли бомбардировке село Кара-Тейит в Чон-Алайском районе. Согласно источникам в Министерстве обороны, после ответа находившихся рядом с селом зенитных расчетов самолеты развернулись и ушли. Несколько жителей села погибли и получили ранения.
По основной версии, это могли быть самолеты узбекских ВВС, участвующие в совместной операции по ликвидации исламских террористов, совершившие ошибку при определении целей для бомбометания. Другой авиации, кроме узбекской, в этой части Ферганской долины, по мнению военных, просто нет.