В середине XI в. папы начали регламентировать порядок папских выборов, чтобы предотвратить те смуты, которыми так часто сопровождались последние, чтобы обеспечить их независимость и по возможности освободиться от вме шательства римской знати и опеки немецких императоров. Николай II, избранный благодаря влиянию Гильдебранда, должен был бороться с антипапой, которого выставила про тив него фамилия тускуланских графов (1058), и эта борьба была кровопролитна. По окончании ее он издал на Римском соборе 1059 г. знаменитый декрет, предоставлявший право избрания папы кардиналам, то есть той части римского духовенства» которая составляла постоянный совет папы. Состав коллегии кардиналов или священной коллегии был отображая выше. Декрет 1059 г. предоставил кардиналам— епископам браво предлагать кандидатов, между которыми затем выбирала священная коллегия в полном составе. Результат выборов подлежал еще одобрению со стороны остального духовенства и римского народа, а затем сообщался императору, которого приглашали признать избранного; но это право признания бьло лишь знаком почета и не имело ничего общего с тем правом утверждения, на которое раньше претендовал император. В принципе кардиналы дол жны были собираться в Риме, если только свобода выборов была там обеспечена, и выбирать в папы одного из членов римского духовенства, если между ними оказывался чело век, достойный этого сана. Кроме того, декрет 1059 г. предусматривал те, к несчастью столь частые, случаи, когда война или какое-нибудь другое обстоятельство препятствовали восшествию папы на престол: тогда папа имел право в силу самого факта избрания вступить в обладание апостольской властью. Этот декрет вызвал в Германии сильное раздражение. Но Николай II заключил союз с вождем южноитальянских норманнов Робертом Гюискаром, который обещал защищать новую организацию папских выборов; последняя была потом еще два раза подтверждена Николаем II на Латеранских соборах 1060 и 1061 гг.
Его преемник Александр II был избран уже по новой системе (1061). В 1073 г. Гильдебранд, фактически управлявший церковью в течение 25 лет, был единогласно избран Папа Александр III(1159–1181) вручает меч дожу Цани (1172–1178), духовенством и народом, но чтобы не нарушить декрета Николая II, кардиналы дали свое согласие на его избрание. Несомненно также, что Гильдебранд просил у императора Генриха IV его одобрения, но это был последний раз, когда папские выборы были поставлены в зависимость от согласия германского императора. Влияние кардиналов, облеченных отныне исключительным правом выбирать пап, есте ственно очень усилилось, тем более, что само папство становилось преобладающей силой в христианском мире. Таким образом, кардиналы, из которых каждый занимал до сих пор в церковной иерархии такое место, какое принадлежало ему в силу его сана, в XIII в. получили перевел над епископами, архиепископами и даже патриархами. В 1245 г. Иннокентий IV даровал им как знак отличия знаменитую красную шапку.
Практическое осуществление декрета Николая II вызвало вначале некоторые затруднения, особенно после смерти Григория VII и его преемника Пасхалия II. Но затем в тече ние полутора веков с лишним папские выборы производились по этой системе. К несчастью, Николаи II не предусмотрел того случая; когда кардиналы разделятся и произведут двойные выборы: стоило лишь меньшинству не уступить, и раскол был неизбежен. Именно такой случай произошел в 1130 г., когда одновременно были выбраны Иннокентий II, признанный Францией, Англией и Германией, и антипапа Анаклет II, который сумел привлечь на свою сторону Рим, Сицилию и Шотландию. Раскол продолжался восемь лет. В 1159 г. меньшинство священной коллегии противопоставило правильно избранному Александру III антипапу Виктора IV. Фридрих Барбаросса, воевавший тогда с курией, поспешил поддержать Виктора IV, тогда как законный папа постепенно был признан остальными христианскими государствами. Мир был восстановлен лишь в 1177 г. Собравшийся вскоре после этого (1179) третий Вселенский Собор в Латеране решил дополнить декрет Николая II, чтобы предотвратить возможность новых расколов. С этой целью он издал канон «Licet de vitanda», который постановлял, что папой должен быть признан лишь тот, кто получит две трети всего числа голосов; всякий же другой, кто присвоит себе этот сан, подлежит отлучению.