Статьей 52-й Конституции СССР 1936, а также системой государственного контроля за соблюдением советского законодательства о культах гарантировалась свобода совести. Гарантия была многосторонняя. Это — отделение церкви от государства, общедоступность для всех граждан образования и культуры; отделение школы от церкви; секуляризация церковной собственности; предоставление верующим определенных материальных условий, необходимых для удовлетворения их религиозных потребностей (передача в бесплатное пользование молитвенных зданий и культового имущества, являвшегося собственностью государства, и др.).
И.В. Сталин говорил в 1936: «Советская власть лишила избирательных прав нетрудовые и эксплуататорские элементы не на веки вечные, а временно, до известного периода. Было время, когда эти элементы вели открытую войну против народа и противодействовали советским законам. Советский закон о лишении их избирательного права был ответом Советской власти на это противодействие. С тех пор прошло немало времени. За истекший период мы добились того, что эксплуататорские классы уничтожены, а Советская власть превратилась в непобедимую силу. Не пришло ли время пересмотреть этот закон? Я думаю, что пришло время. Говорят, что это опасно, так как могут пролезть в верховные органы страны враждебные Советской власти элементы, кое-кто из бывших белогвардейцев, кулаков, попов и т. д. Но чего тут собственно бояться? Волков бояться, в лес не ходить. Во-первых, не все бывшие кулаки, белогвардейцы или попы враждебны Советской власти. Во-вторых, если народ кой-где и изберет враждебных людей, то это будет означать, что наша агитационная работа поставлена из рук вон плохо, и мы вполне заслужили такой позор, если же наша агитационная работа будет идти по-большевистски, то народ не пропустит враждебных людей в свои верховные органы. Значит, надо работать, а не хныкать, надо работать, а не дожидаться того, что все будет предоставлено в готовом виде в порядке административных распоряжений».
В ноябре 1939 за подписью секретаря ЦК И. Сталина вышло постановление Политбюро ЦК ВКП(б) об отношении к религии, служителям Русской православной церкви и православноверующим:
«1) Признать нецелесообразной впредь практику органов НКВД СССР в части арестов служителей Русской православной церкви, преследования верующих.
2) Указание товарища Ульянова (Ленина) от 1 мая 1919 года за № 13666-2 «О борьбе с попами и религией», адресованное пред. ВЧК товарищу Дзержинскому, и все соответствующие инструкции ВЧК — ОГПУ — НКВД, касающиеся преследования служителей Русской православной церкви и православноверующих, — отменить.
3) НКВД СССР произвести ревизию осужденных и арестованных граждан по делам, связанным с богослужительной деятельностью. Освободить из-под стражи и заменить наказание на не связанное с лишением свободы осужденным по указанным мотивам, если деятельность этих граждан не нанесла вреда Советской власти.
4) Вопрос о судьбе верующих, находящихся под стражей и в тюрьмах, принадлежащих иным конфессиям — ЦК вынесет решение дополнительно».
Во время Великой Отечественной войны 4 сентября 1943 года И. В. Сталин пригласил в Кремль иерархов Русской православной церкви — патриаршего местоблюстителя митрополита Московского и Коломенского Сергия (Страгородского), митрополита Киевского и Галицкого Николая (Ярушевича) и митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Симанского). В двухчасовой беседе приняли участие В.М. Молотов, Л.П. Берия и Г.Г. Карпов.
Сталин высоко отозвался о патриотической деятельности Русской православной церкви, поблагодарил ее за внесение в фонд обороны 150 млн. рублей, собранных за счет пожертвований верующих. Он поинтересовался проблемами, которые стоят перед церковью, и пожелал возрождения церковной жизни, скорейшего избрания Патриарха. На это митрополит Сергий ответил, что для проведения Архиерейского собора, на котором надо избрать Патриарха, потребуется не менее двух месяцев, к тому же в условиях военного времени у церкви нет транспорта.
«А нельзя ли, — сказал Сталин, — проявить большевистские темпы?» И тут же отдал распоряжение привлечь авиацию для сбора всех епископов, чтобы открыть Поместный собор через три-четыре дня. 8 сентября собор был созван. Главой Русской православной церкви — Патриархом Московским и Всея Руси — был избран митрополит Сергий (в миру И.Н. Страгородский).
Были решены и другие вопросы, поставленные на встрече церковными иерархами. Образован при патриархате Святейший синод. Открыты храмы и духовные академии и семинарии, возобновлено издание церковного журнала, расширены права духовенства и сняты ограничения на деятельность религиозных общин. Архиереям было обеспечено право распоряжаться церковными денежными средствами.
— Не надо, — заметил Сталин, — препятствовать организации свечных заводов.
А на недоумение митрополитов ответил:
— Если нужно сейчас или нужно будет в дальнейшем, государство может отпустить соответствующие субсидии церковному центру.