Офицеры-испанцы хотели заставить Магеллана «выполнить королевские инструкции»: повернуть к мысу Доброй Надежды и восточным путём пройти к Молуккам. В ту же ночь начался бунт. Картахена был выпущен на свободу, мятежники захватили «Викторию», «Консепсьон» и «Сан-Антонио», арестовали Мишкиту, а Кесада смертельно ранил помощника, преданного Магеллану. Они навели пушки на «Тринидад» и потребовали, чтобы адмирал явился к ним для переговоров. Против двух его кораблей были три мятежных, приготовившихся к бою. Но бунтовщики не доверяли своим матросам, а на одном судне даже разоружили их.
В тяжёлых обстоятельствах Магеллан обнаружил спокойную решимость. Он послал верного ему альгвасила (полицейского офицера) Гонсало Гомеса Эспиносу с несколькими матросами на «Викторию» – пригласить её капитана для переговоров на адмиральский корабль. Тот отказался, тогда альгвасил вонзил ему в горло кинжал, а один матрос добил его. Шурин Магеллана, португалец Дуарти Барбоза, немедленно завладел «Викторией» и был назначен её капитаном. Теперь у мятежников было только два судна, а чтобы они не дезертировали, предусмотрительный ад мирал, как сказано выше, занял удобную позицию у выхода из бухты. «Сан-Антонио» попытался прорваться в океан, но матросы после залпа с «Тринидада» связали офицеров и сдались. То же произошло на «Консепсьоне». Магеллан круто обошёлся с бунтовщиками-капитанами: он приказал отрубить голову Кесаде, четвертовать труп Мендосы, высадить на пустынный берег Картахену вместе с заговорщиком-священником, но остальных пощадил.
В начале мая адмирал послал на юг на разведку Серрано на «Сантьяго», но 3 мая корабль разбился о скалы у реки Санта-Крус (у 50° ю. ш.), и команде его с трудом удалось спастись (погиб один матрос). Магеллан перевёл Серрано капитаном на «Консепсьон». К месту зимовки в бухте Сан-Хулиан подходили индейцы очень высокого роста. Они были названы патагонцами (по-испански «патагон» – «большеногий»); их страна с того времени именуется Патагонией. Пигафетта описывал индейцев как настоящих великанов [106] .
24 августа флотилия вышла из бухты Сан-Хулиан и достигла устья Санта-Крус, где пробыла до середины октября, ожидая наступления весны Южного полушария. 18 октября суда двинулись на юг вдоль патагонского берега, образующего на этом участке (между 50° и 52° ю. ш.) широкий залив Баия-Гранде. Перед выходом в море Магеллан заявил капитанам, что будет искать проход в Южное море и повернёт на восток, если не найдёт пролива до 75° ю. ш., т. е. он сам сомневался в его существовании, но хотел продолжать предприятие до последней возможности. Залив, или пролив, ведущий на запад, был найден 21 октября 1520 г. за 52° ю. ш., после того как Магеллан открыл неизвестное ранее Атлантическое побережье Южной Америки на протяжении около 3,5 тыс. км (между 34° и 52° ю. ш.), в том числе 1500 км вторично – после анонимной португальской экспедиции около 1505 г.Эскиз карты части Южной Америки (Ж. Фрейре, 1546 г.)