Переселение эстонцев на восточные земли России началось еще до вхождения их территории в Российское государство. В основном это были бежавшие крестьяне. В XVI–XVII вв. в период шведского владычества в Эстонии небольшая группа эстонского населения сложилась на территории Витебской губернии в Люцинском уезде, отчего в литературе эту группу называли
Массовые миграции с территории Эстонии в восточном направлении, в глубь России, начались во второй половине XIX столетия, когда продолжился распад феодальной системы и переход на земельную ренту30, крестьяне получили паспорта (1863) и вместе с ними – право передвигаться по территории империи. Главной причиной переселения послужила нехватка земель. В миграционном процессе участвовало в основном сельское население, которое в большинстве своем состояло из беднейших слоев31. Первые потоки переселенцев шли в соседние западные губернии России, а также в Крым, на Кавказ, в Поволжье, на Урал, в Сибирь32. Первое поселение в Крыму появилось в 1861 г., в последующие годы возникло еще девять эстонских центров33. По данным переписи 1897 г., в Таврической губернии проживало 2 210 эстонцев34. На Кавказе эстонцы начали основывать свои поселения тоже в 1860-е годы. Наибольшее их число сосредоточилось в Ставропольской губернии. Значительные по численности селения появились на Кубани, в Черноморской и Кутаисской губерниях. Всего на Кавказе было десять крупных поселений с общей численностью 4 281 человек35. Территорию Поволжья и Урала эстонцы начали заселять в 1880-е годы. Более всего их проживало в Самарской губернии, где к 1897 г. насчитывалось 13 эстонских деревень. В Симбирской губернии зафиксировано четыре поселения36. В Сибири в 1860–1880-е годы приток эстонского населения был небольшим. Этот процесс усилился после открытия в 1894 г. Сибирской железной дороги37. К 1897 г. эстонцев в Сибири насчитывалось уже 4202 человека38. Исследователь эстонских поселений в России В. А. Маамяги отмечает также появление в этот период эстонских колоний в Средней Азии, всего в 1897 г. там проживало 440 эстонцев39.
Перепись 1897 г. отметила в Российской империи 1 002 73840 эстонцев, из которых значительная часть по-прежнему проживала в районах традиционного расселения – в прибалтийских Эстляндской (365 959 человек) и Лифляндской (518 594 человека)41 губерниях, за пределами этих губерний проживало 118 185 эстонцев, что составляло 11, 8 % от общей численности народа42.
Волна миграций продолжилась в начале XX в., ей способствовало проведение аграрной столыпинской реформы и постройка Транссибирской железнодорожной магистрали. Новым потокам эстонцев пришлось осваивать уже менее плодородные и более отдаленные земли – территории Северо-Запада России, Урала, таежной полосы Сибири43, Дальнего Востока. Всего за первое десятилетие XX в. появилось 75 новых крупных эстонских поселений, 44 из них было в Сибири44. В дальнейшем эстонцы образовывали новые поселения в Сибири, но одновременно увеличился удельный вес обратного переселения. Причинами отъезда И. В. Лоткин называет неразвитую инфраструктуру края и тяжелые бытовые условия45.
Исследователь А. В. Горнухова, изучая переселенческие процессы в прибалтийских республиках, выделяет четыре условных этапа миграции эстонцев на территорию России до 1914 г.:
1) 1860-е годы – основные потоки направляются в Крым и Самару; 2) 1870–1880-е годы – небольшие по численности потоки идут на Кавказ, в южные и центральные районы России, в Сибирь; 3) 1890-е годы – два крупных потока в Сибирь (Акмолинская, Томская, Тобольская губернии) и Вологду; 4) первое десятилетие XX в. – значительно больший поток в Сибирь46.