Специальных исследований, рассматривающих проблему этногенеза юкагиров, крайне мало. Можно выделить несколько работ, в которых освещается этот вопрос. Это работы Дебец Г. Ф. «Антропологические исследования в Камчатской области» (М., 1951), Левина М. Г. «Этническая антропология и проблемы этногенеза народов Дальнего Востока» (М., 1958), Чернецова В. Н. «К вопросу об этническом субстрате в циркумполярной культуре» (М., 1964), Гурвич И. С. «Этническая история Северо-Востока Сибири» (М., 1966), Симченко Ю. Б. «Некоторые данные о древнем этническом субстрате в составе народов Северной Евразии» (М., 1968) и «Некоторые вопросы древних этапов этнической истории Заполярья и Приполярья Евразии» (М., 1975), Кирьяк М. А. «Археология Западной Чукотки в связи с юкагирской проблемой» (М., 1993), Николаевой И. А. «К вопросу об урало-юкагирских генетических связях» (М., 1995), Алексеева А. Н. «Древняя Якутия: железный век и эпоха средневековья» (Новосибирск, 1996), Гоголева А. И. «Этническая история народов Якутии» (Якутск, 2004). Отдельные аспекты этногенеза затрагиваются в работах Васильева Ф. Ф., Горохова С. Н., Дикова Н. Н., Жуковой Л. Н., Золотаревой И. М., Кистенева С. П., Константинова И. В., Крейновича Е. А., Окладникова А. П., Федосеевой С. А., Хлобыстина Л. П., Черосова Н. М., Эверстова С. И., а также в коллективных работах «История Якутской АССР» под ред. Окладникова А. П. (М., 1958), «Этническая история народов Севера» (М., 1972), «Этногенез народов Севера» (М., 1980), «Этногенез народов Северной Азии» (Новосибирск, 1984), «Юкагиры: историко-этнографический сборник» (Новосибирск, 1975). Важные данные для реконструкции древнейших этапов истории юкагиров дают антропологические исследования, начавшиеся только с середины ХХ в.
Проблема этногенеза юкагиров является важным для реконструкции этнической истории Северо-Востока страны и решения проблем этногенеза многих народов Сибири.
Решение «юкагирской проблемы» возможно при привлечении данных различных наук (лингвистики, антропологии, генетики, этнографии и археологии) и результатов междисциплинарных исследований.
Лингвистические исследования подтверждают данные о древних связях юкагирских языков с уральскими и алтайскими языками.
Исследованиями древнейших этапов развития юкагирского языка занимались лингвисты Е. А. Крейнович, И. А. Николаева, Е. С. Маслова, Г. Н. Курилов.
Известный юкагировед, филолог Крейнович Е. А. занимал осторожную позицию в вопросе о генетических связях юкагирского языка с уральскими, указывая только на возможность древних исторических контактов [Крейнович, 1968: 451]. В конце жизни ученый, обобщая свои материалы, заявил, что «некоторые морфологические и лексические элементы юкагирского языка влекут его к древним финно-угорским языкам, минуя языки самодийские» [Крейнович, 1982: 3] и о «генетической принадлежности юкагиров к уральским языкам» [там же: 5].
В ранних работах И. А. Николаева считала, что «предки современных уральских народов в V–VI тыс. до н. э. проживали совместно в районе Среднего Урала» [Фольклор юкагиров…, 1989: 4], а юкагиры были первой волной уральцев, ушедших на северо-восток не позднее V тыс. до н. э., по заполярным районам или по югу Сибири через Прибайкалье, причем их отделение от уральцев произошло раньше, чем деление уральской языковой семьи на финно-угорскую и самодийскую ветви. Она выявляла три компонента в юкагирском языке; уральский, прибайкальский и палеоазиатский (северо-восточной). В своей кандидатской диссертации она писала, что юкагирский язык обнаруживает некоторые замечательные параллели с восточно-уральскими языками и имеет столько же юкагирско-финно-угорских лексических сопоставлений [Николаева, 1988].
Согласно урало-юкагирской гипотезе последних работ И. А. Николаевой праюкагиры представляли собой первую, дальше всего зашедшую на восток волну расселения носителей урало-юкагирских языков (следующая по времени и дальности проникновения на восток волна состояла из языковых предков угров и самодийцев); в современных юкагирских языках есть субстрат неуральского и неалтайского характера – то есть субстрат языка более раннего, неурало-юкагирского населения Сибири. С антропологической точки зрения юкагиры монголоидны. Таким образом, cуть древнейших этапов их этногенеза сводилась к тому, что группа уралоязычных пришельцев с запада смешалась в несколько этапов с неностратическими монголоидными аборигенами Сибири, сформировав (окончательно – уже на территории Восточной Сибири) юкагирскую по языку и монголоидную по антропологическому облику общность, причем в праюкагирский язык вошел аборигенный языковой субстрат.