Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

В формировании иммунитета участвуют Cas-белки. Без них микроб не может вставлять в свой геном вирусную или плазмидную ДНК в качестве спейсеров. Если в клетку проникает чужеродная ДНК, то Cas-белки перво-наперво распознают ее. Потом они же вырезают участок чужой ДНК и встраивают в локус CRISPR новую рабочую единицу «повтор/спейсер». Обновленная бактериальная хромосома нормально реплицируется и передается по наследству потомкам.

При транскрипции CRISPR формируется цепочка РНК (CRISPR-РНК, или crРНК), которая затем нарезается на короткие кусочки, состоящие из двух половинок палиндромного повтора и заключенного между ними спейсера. Эту нарезку также осуществляют Cas-белки.

В результате получается внушительный набор коротких сгРНК с различными вирусными спейсерами. Среди них и тот, который был счастливо приобретен при недавнем инфицировании. Молекулы crРНК объединяются с некоторыми Cas-белками. Если в клетку снова попадет такой же вирус, то РНК, несущая соответствующий спейсер, узнает комплементарный участок вирусной ДНК, а Сas-белки обезвредят ее. Узнавание чужой ДНК при помощи комплементарной crРНК происходит эффективно и быстро.

Схема одного из двух локусов

Streptococcus thermophilus, содержащих CRISPR и ассоциированные гены cas. Серым цветом показаны cas

-гены, черным — CRISPR-последовательности. Под черным прямоугольником вынесена подробная структура CRISPR. Черные ромбики — это палиндромные повторы, а белые маленькие прямоугольники — спейсеры, представляющие собой участки плазмидной или вирусной ДНК. Буквами внизу обозначена нуклеотидная последовательность палиндромного повтора. Справа — «шпилька», петлеобразная структура, в которую сворачивается РНК, считанная с палиндромного повтора. Из Horvath, Barrangou, 2010.

При частых атаках определенного вируса соответствующая рабочая единица «повтор/спейсер» поддерживается в рабочем состоянии в ряде поколений (мутации, повреждающие ее, отсеиваются отбором). Если же паразит больше не нападает, то соответствующая единица «повтор/спейсер» со временем накопит мутации, перестанет работать или исчезнет. Так что CRISPR-иммунитет — это самонастраивающаяся система (Horvath, Barrangou, 2010

).

В любой иммунной системе важнейшая проблема состоит в том, чтобы предотвратить атаку защитных молекул на собственный организм. Иммунная система должна отличать свое от чужого, иначе это будет не иммунитет, а самоубийство. Американским ученым из Северо-Западного университета (Эванстон, США) удалось выяснить, как бактерии решают эту задачу. Оказалось, что в узнавании чужеродной ДНК участвуют не только спейсеры, но и ограничивающие спейсер фрагменты палиндромных повторов. Если комплементарным оказывается не только спейсер, но и окружающие его нуклеотиды, то это «родная» ДНК, и иммунной атаки не происходит. Если же спейсер комплементарен проверяемой последовательности, а фрагменты повторов — нет, то это чужой геном, и тогда белки Cas избавляются от паразитической ДНК (Marraffini, Sontheimer, 2010).

Итак, система CRISPR позволяет микробам напрямую вносить полезные изменения в свой геном, не прибегая к помощи случайных мутаций и отбора. Своеобразный (и, по-видимому, совершенно уникальный) способ быстрого создания полезных наследственных признаков! Но сама эта замечательная система, конечно, развилась более традиционным способом. Ее происхождение пока не выяснено в деталях, однако прослеживается преемственность между ней и системой РНК-интерференции, о которой рассказано выше (Deltcheva et al., 2011).

Бактериальные гены помогли нематодам стать паразитами