Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

Амплификация (увеличение числа копий гена; частным случаем амплификации является дупликация — удвоение) с последующим разделением функций между копиями — по-видимому, самый распространенный способ появления новых генов. Мы уже знаем, что новая функция может появиться у одной из копий как до, так и после амплификации. В обоих случаях обязательным этапом является закрепление полезных мутаций в одной или нескольких копиях размножившегося гена. Проблема в том, что полезные мутации должны появиться быстро — до того как избыточные копии гена будут безнадежно испорчены вредными мутациями. Иначе все вернется на круги своя и в геноме снова останется только одна рабочая копия гена плюс некоторое количество «мусора»— поврежденных мутациями псевдогенов (вышедших из строя, неработающих генов), в которые превратятся остальные копии.

Биологи из Швеции и США разработали теоретически (Bergthorsson et al., 2007), а затем и экспериментально подтвердили (Näsvall et al., 2012) сценарий появления новых генов, который они назвали ИАД (инновация — амплификация — дивергенция). Сценарий похож на уже знакомый нам уход от адаптивного конфликта, но имеет важное отличие. В сценарии ИАД амплификация сама по себе имеет адаптивный смысл: новообразованные копии гена с самого начала не являются избыточными. Они полезны, и поэтому отбор препятствует их порче. Это дает им время дождаться появления полезных мутаций. Главная хитрость тут в том, что амплификация гена увеличивает производство кодируемого им белка, а это, как правило, усиливает выполнение функций, за которые отвечает белок.

Схема ИАД показана на рисунке. У гена с основной функцией А появляется (или давно существует в качестве «побочного эффекта») дополнительная функция B, которая поначалу осуществляется с низкой эффективностью (и потому обозначается как b). Если эта побочная функция вдруг окажется полезной (например, из-за изменения условий среды), то отбор начнет поддерживать мутации, усиливающие эту функцию. Простейшим способом добиться этой цели, не нарушив функцию А, является амплификация бифункционального гена. Чем больше копий гена будет в геноме, тем больше будет молекул соответствующего белка и тем эффективнее станет осуществляться функция B. Таким образом, отбор будет поддерживать дупликации гена и защищать появляющиеся копии от мутационных повреждений. Заметим, что амплификация генов — весьма распространенная категория мутаций. Например, у бактерии Salmonella enterica, с которой работали исследователи, вероятность дупликации любого гена составляет примерно 10⁻⁵ на каждое клеточное деление[72].

Размножившиеся копии гена могут затем специализироваться. Если в одной из копий возникнут мутации, усиливающие функцию B в ущерб A, отбор их поддержит, ведь функция B «в дефиците», а с функцией A успешно справляются другие копии. Позднее у какой-то из них функция А может дополнительно оптимизироваться — возможно, за счет утраты функции B.

После появления генов-«специалистов», оптимизированных для функций или A или B, остальные копии станут действительно лишними. Скорее всего, они рано или поздно будут испорчены и превратятся в псевдогены или будут утрачены.

Для проверки своих идей ученые поставили эволюционный эксперимент на сальмонеллах. Для начала они взяли бактерий с удаленным геном trpF. Фермент, кодируемый этим геном, катализирует один этап синтеза аминокислоты триптофана. Тот же этап в синтезе другой аминокислоты, гистидина, катализируется ферментом hisA.

Образование нового гена по схеме «инновация — амплификация — дивергенция». Пояснения в тексте. Из Näsvall et al., 2012.

Выращивая сальмонелл, лишенных trpF, в среде без триптофана, авторы обнаружили и отобрали сальмонелл-мутантов, у которых синтез триптофана взял на себя hisA

. Для этого сальмонеллам пришлось немного подпортить мутациями свой hisA — удвоить три кодона и заменить еще один. В результате фермент hisA стал бифункциональным. Он приобрел способность выполнять функцию trpF, хоть и с низкой эффективностью[73]. Исходная функция hisA при этом тоже пострадала: синтез гистидина стал менее эффективным. Но все же бактерии-мутанты могли теперь выжить в среде, не содержащей ни триптофана, ни гистидина. Таким образом, возникшую мутацию можно рассматривать как первый этап — инновацию в сценарии ИАД. Удастся ли подопытным микробам пройти остальные два этапа?

Бактерий-мутантов, разделенных на несколько линий, выращивали в среде без триптофана и гистидина. Чтобы отслеживать генные дупликации, рядом с hisA поместили ген желтого флюоресцирующего белка, так что о количестве копий данного фрагмента генома можно было судить по силе флюоресценции.