30 июля 1788 года Швеция вероломно напала на Россию.
Войну с Портой вёл Потёмкин, он сам, его генералы и адмиралы одерживали одну победу за другой:
1 октября 1787 года — при Кинбурне (А. В. Суворов); 3 июля 1788 года — у мыса Фидониси (адмирал Ф. Ф. Ушаков); 6 декабря был взят Очаков (А. В. Суворов и Г. А. Потёмкин); 21 июля 1789 года — при Фокшанах; 11 сентября 1789 года — при Рымнике (А. В. Суворов). В это же время был основан новый порт на Чёрном море — Николаев.
А войну со Швецией пришлось вести Екатерине II, все тяготы войны она взяла на себя и оказалась как бы «главнокомандующей Северным флотом». В трудные минуты жизни Екатерина умела взять всё в свои руки и действовать. Она лично стала у руля морского ведомства, приказала исправить и привести в порядок Ревельский порт как центр борьбы против шведского флота, а также выстроить несколько казарм и госпиталей. Кроме того, она занималась снабжением армии и флота продовольствием Под её руководством были одержаны победы: 6 июля 1788 года — у острова Готланд (адмирал С. К. Грейг); в мае 1790 года — у Ревеля (адмирал ВЯ. Чичагов).
При этом Екатерина продолжала заниматься польскими проблемами и разделом Польши, а также и российскими мирскими делами, самыми насущными социальными проблемами. Так, 20 сентября 1789 года она подписала Устав о повивальных бабках.
Об этом времени она писала позже барону Гримму: «Есть причина, почему казалось, что я все так хорошо делала в это время: я была тогда одна, почти без помощников, и, боясь упустить что-нибудь по незнанию или забывчивости, проявила деятельность, на которую меня никто не считал способной; я вмешивалась в невероятные подробности до такой степени, что превратилась даже в интенданта армии, но, по признанию всех, никогда солдат не кормили лучше в стране, где нельзя было достать никакого провианта».