Во время Четвертой мировой войны Наруто встретил Итачи, воскрешенного Кабуто – врагом Альянса ниндзя. Итачи полностью доверился ему и заявил, что только он может спасти Саске. Решившись на уничтожение Конохи, по пути Саске встретил своего брата. Саске упрекнул его за то, что тот превратил его в другого человека, и потребовал ответов, спросив, почему Итачи оставил его в живых. Когда Итачи выразил сожаление, что Саске стал международным преступником, тот ответил, что никогда не хотел вставать на путь мести. Вместе они встретили Кабуто, ответственного за произошедшее воскрешение. В конце боя Саске признался, что его ненависть к Конохе только усилилась. Несмотря на то, что он сражался вместе с братом, он по-прежнему хотел уничтожить деревню. Перед тем как вновь уйти из жизни, Итачи погрузил Саске в свои воспоминания, рассказав ему всю правду, вплоть до мельчайших подробностей. Саске понял, что его выбор был ограничен: либо уничтожить его клан, чтобы сохранить мир, либо позволить его клану совершить переворот, что приведет к гражданской войне. Итачи пожалел, что скрыл правду от своего младшего брата. Оглядываясь назад, он чувствовал, что Саске мог бы изменить родителей или даже весь клан. Счастливый от того, что открыл правду и избавил себя от бесконечно тяжелого бремени, Итачи ушел, сказав, что не просит прощения и что всегда будет любить Саске, что бы тот ни сделал.
После воссоединения с братом Саске был потерян. Его желание отомстить Конохе все еще не угасло, но он хотел получить ответы. Почему Итачи до сих пор гордился тем, что он ниндзя Конохи, несмотря на страдания, которые ему пришлось пережить? Задаваясь вопросом о собственном существовании, о ценности клана и деревни, Саске нуждался в ответах. Он хотел знать все, чтобы обдумать и решить, как ему поступить. Ради получения ответов ему удалось воскресить Орочимару, который, в свою очередь, воскресил первых четырех хокаге Конохи.
Вернувшись в Коноху спустя годы после своего дезертирства, Саске попытался примириться со своим прошлым. Это стало важным шагом в укреплении его решимости. В присутствии бывшего хокаге он задавал вопросы о жизни Итачи, о создании деревни и мира ниндзя. Он хотел услышать правду перед тем, как решить, мстить Конохе или нет. Саске думал прежде всего о себе, но на этот раз он решил принять факел Итачи. Желая почтить память своего брата, он решил вступить в бой, чтобы защитить деревню. Он не хотел, чтобы смерть Итачи была напрасной. Саске мечтал стать хокаге и по-своему изменить деревню Коноха. К радости Наруто, он присоединился к их фронту. Вместе с Наруто и Сакурой он доблестно сражался и внес свой вклад в окончательную победу.
И все же в конце войны, вопреки всему, Саске восстал и захотел убить всех живых каге и хвостатых демонов. Месть больше не была его движущей силой, но он хотел разрушить их, чтобы восстановить баланс. Его целью стала революция – он хотел изменить мир ниндзя. А поскольку Наруто стал сосудом для всех хвостатых демонов, именно его Саске сделал своей главной целью, договорившись встретиться с ним в Долине Завершения для последней битвы. Верный обещанию, которое он когда-то дал Сакуре, Наруто отправился в путь, решив вернуть своего друга в деревню. И снова взгляд Саске на вещи оказался противоположен взгляду Наруто, но теперь Саске внезапно захотел стать хокаге.
Проанализировав прошлое Итачи, он усомнился в авторитете ниндзя. Законно ли было жертвовать своей жизнью и своей семьей, чтобы защитить деревню? Допросив старого каге, он получил ответы на все вопросы. Изначально Хаширама и Мадара основали Коноху для установления мира, чтобы дети могли расти в безопасности. Идея заключалась в том, чтобы объединить кланы в одной деревне и установить порядок и правила. Однако с момента основания деревень войны не прекращались. Саске понимал, что мир может существовать только благодаря таким жертвам, как та, что принес его старший брат. Ниндзя, который согласился окончить свою жизнь в одиночестве, считаясь предателем и преступником, который никогда не жалел о своем выборе и до последнего вздоха всегда заботился о благе своей страны, герой, оставшийся в тени. Таково было определение истинного хокаге для Саске, однако он не собирался идти по тому же пути, что и Итачи. Будучи последним членом своего клана, Саске чувствовал, что он один на Земле. Несмотря на помощь, которую он оказал Альянсу ниндзя и своим бывшим товарищам, он все еще не испытывал уважения ни к кому, кроме Наруто. Чтобы осуществить свою месть, он был готов судить и казнить тех, кого считал виновными: каге, хвостатых демонов и всех тех, кто сознательно способствовал тому, чтобы мир стал именно таким, – он был готов взять на себя роль палача. Саске намеревался уничтожить прошлое, всю систему ниндзя в том виде, в каком она была задумана.