Территория рассматриваемой культуры изучена неравномерно. Раскопками исследованы главным образом памятники, расположенные по Иртышу и в низовьях его притоков — Тары, Шиша, преимущественно в пределах современной Омской области. Всего раскопкам подвергалось 12 поселений и 10 курганных могильников, на которых вскрыто около 70 курганов, содержавших свыше 140 погребений. Наиболее крупные раскопки были произведены на поселениях Новоягодное I, Кип, Кипо-Кулары и Белый Яр, где изучено соответственно 400, 262, 700 и 200 кв. м (
Среди поселений усть-ишимской культуры преобладают городища. Они расположены преимущественно на мысах. Существовали также поселения на краю коренного берега реки (Сеткуловское поселение), на сопках и останцах (городища Белый Яр, Новоникольское I, IV). Площадь поселений колеблется от 600 до 7000 кв. м. Оборонительные сооружения на городищах детально не исследовались, но на ряде городищ (Безымянном I, Новоягодном I, Большая Пристань, Кипо-Куларском) валы и рвы прорезаны разведочными траншеями. Обычно площадка городища защищена валом и рвом, отрезающими стрелку мыса. Ко рву с валом примыкала незащищенная часть поселения. На некоторых городищах со временем были устроены дополнительные валы (Безымянное I, Новоягодное I, Большая Пристань, Ишейка, Кошкуль), защищавшие дополнительные участки поселений. На ряде поселений валы имеют выступы (табл. LXXX,
Полного представления о планировке поселений не имеется, поскольку ни одно из них не раскопано полностью. Некоторое представление о застройке можно получить по особенностям микрорельефа, фиксирующего иногда на поверхности следы жилищ в виде овальных впадин размерами от 4x4 до 6x6 м и глубиной до 0,5 м. Обычно количество жилищ на поселениях было невелико. Только на городище Хутор Бор III выявлено 11 жилищных впадин, а на Новоягодном I городище — 26 впадин. В размещении жилищ не прослежено строгой упорядоченности (табл. LXXX,
Часть территории поселка, имеющая ровную поверхность, возможно, отводилась для загона скота. Такие участки без жилищных западин внутри линии укреплений прослежены на Кошкульском, Новоягодном I, Безымянном I и других городищах.
Всего на разных поселениях раскопками вскрыты остатки 25 жилищ. По конструкции они делятся на два типа: 1
— полуземлянки, вероятно, шатровой конструкции, котлован которых врезался в материковый грунт на 0,5–0,8 м; 2 — наземные одно- и двухкамерные жилища со слегка углубленным в материк или погребенную почву полом и со стенами, крепившимися на опорных столбах (диаметр 8-25 см). Котлованы жилищ имели площадь от 8-10 до 70 кв. м. Стены, вероятно, были бревенчатыми. Полы земляные и фиксируются прослойкой темного утоптанного слоя с включениями мелких углей, золы, фрагментов керамики и отдельных вещей. Вдоль стен жилищ иногда прослеживаются возвышения от земляных нар шириной до 1,2 м, высотой 0,2–0,6 м (Вход в жилище имел коридорообразную форму (ширина 0,7–0,9 м) и обычно находился с юго-восточной стороны. В жилище перед входом иногда прослеживается порог, возвышающийся над полом на 0,15-0,20 м. Эта конструктивная деталь напоминает жилища потчевашской культуры.