В 1918 году на всех фронтах гражданской войны сражалось много отрядов моряков, особенно балтийцев. Моряки дрались на обозерском и шенкурском направлениях Северного фронта, на вятском, пермском и уфимском направлениях Восточного фронта, под Царицыном и Астраханью, на Дону, на Кавказе, под Баку и в Закавказье, на Украине и Урале. Моряки возглавляли партизанские отряды. Боевые дела отрядов Петрова-Полухина, Хохрякова, Папанина, Железнякова, Окунева и многих других стали славными страницами истории гражданской войны.
В марте 1919 года Ленин приезжает на несколько дней в Петроград. Здесь происходят многочисленные встречи Владимира Ильича с моряками. Газета «Красный Балтийский флот» 20 марта 1919 года писала:
«Последние дни особенно много моряков перебывало на собраниях, митингах, где выступал товарищ Ленин.
С именем любимого вождя революции так много связано для моряков — и после года разлуки всем было чрезвычайно радостно увидеть и услышать вновь товарища Ленина.
Появление товарища Ленина встречалось бурными аплодисментами и криками восторга».
13 марта 1919 года В. И. Ленин выступал на десятитысячном митинге в Народном доме (Оперный зал), на котором преобладали моряки Балтийского, флота. Огромное количество моряков не могло вместиться в зал и находилось в фойе.
Когда Владимир Ильич закончил речь в зале, делегация моряков обратилась к нему с просьбой вторично выступить перед моряками, которые находились в фойе. Несмотря на усталость, Ленин согласился. Он рассказал о работе Совета Народных Комиссаров и Совета Рабоче-Крестьянской Обороны, обрисовал международное и внутреннее положение страны, подчеркнул, что победы стали возможными исключительно благодаря усиленной партийной и культурно-просветительной деятельности в рядах Красной армии. Он призвал моряков любой ценой добиться победы, разбить все вражеские полчища и эскадры и перейти к восстановлению разрушенного хозяйства. Надолго запала в душу морякам эта замечательная ленинская речь, она подняла массы на новые героические дела. Счастливцы, слушавшие речь Ильича, с упоением рассказывали о ней десяткам и сотням своих товарищей. Эта теплая встреча вождя с балтийцами еще раз показала большую сплоченность масс вокруг ленинско-сталинской партии.
В марте-апреле 1919 года В. И. Ленин намечает мероприятия по укреплению флотов и флотилий, удовлетворяет ряд запросов моряков. В одной из телеграмм Ленин требует от командования Балтийского флота срочно выслать в Астрахань для флотилии 10 шестидюймовых орудий, 2500 снарядов, 10 дальномеров, 10 прожекторов, радиостанцию, грузовые и легковые машины, 100 мин заграждения морских и 100 мин для рек. Уже к началу мая 1919 года Волжская военная флотилия состояла из 51 корабля, десантного отряда (1439 человек), воздушного дивизиона (172 человека) и обслуживающих береговых частей.
Во время выполнения ленинско-сталинского плана разгрома колчаковских армий (апрель — май 1919 года) на Волжскую флотилию были возложены ответственные задачи, которые моряки выполнили с честью. Отзыв о боевых действиях 5-го дивизиона речных канонерских лодок в мае 1919 года сухо рассказывает: «Он действовал с неустрашимой отвагой, неоднократно заставлял огнем своих орудий замолчать неприятельские прибрежные батареи и все время мешал противнику в исполнении его стремлений устроить на левом фланге второй армии десант» (ЦГВМА, фонд № 143, д. № 27, л. 39).
Особенно отличался в боях десантный отряд моряков. Он наводил страх на колчаковские офицерские части; разбил наголову полк Иисуса (сформированный из монахов) и провел ряд успешных операций совместно с кораблями флотилии и частями 28-й стрелковой дивизии.
Астрахано-Каспийская флотилия под руководством С. М. Кирова в течение мая — июня 1919 года вела операции на Каспии и в устье Волги. Сосредоточив большое количество сил, Деникин 30 июня 1919 года, несмотря на упорное сопротивление красных войск, занял г. Царицын. Корабли Астрахано-Каспийской военной флотилии и десантный отряд моряков с беззаветной храбростью сражались с деникинцами, несколько раз врывались в Царицын, наносили им серьезные удары. Эвакуация всего ценного имущества из Царицына была проведена под прикрытием боевых кораблей флотилии. Был выведен весь паровой флот, свыше 100 барж, 5 буксиров, вывезено около 1,5 миллиона пудов нефтепродуктов и пр. Большая работа, проделанная водниками и моряками флотилии, была специально отмечена В. И. Лениным.
Летом 1919 года моряки Балтики под руководством товарища Сталина успешно отразили все попытки английского флота прорваться к Петрограду.