Так в августе 1941 г. Н.Г. Кузнецов предложил Сталину нанести бомбовые удары по Берлину флотской авиацией с острова Эзель. Сталин дал согласие. Эти бомбежки по Берлину в августе 1941 г. имели большое политическое и военное значение, в том числе и для советского народа. Кузнецов участвовал в разработке этой операции и лично нес ответственность перед Ставкой за ее выполнение.
В октябре 1941 г. с Балтики меня перевели служить в Оперативное управление Главного штаба ВМФ, которое возглавлял одаренный моряк, прошедший школу войны в Испании, имеющий большой опыт работы в штабах, — Владимир Антонович Алафузов. В то время он замещал начальника главного штаба ВМФ адмирала И.С. Исакова, так как последний в начале войны был назначен заместителем главкома Северо-Западного направления — для координации действий Краснознаменного Балтийского флота с сухопутными войсками. А в 1942 г., после поездки на Дальний Восток, адмирал И.С. Исаков был командирован Ставкой на Кавказ, где потерял ногу, после чего длительное время лечился. В этот период за него в главном штабе ВМФ работал Алафузов.
Знакомясь с работой Оперативного управления ГШ ВМФ, я понял, что с началом войны народный комиссар ВМФ Н.Г. Кузнецов установил четкую систему работы Главного штаба и центральных управлений Военно-Морского Флота и их взаимодействие. Нацелил их на обеспечение выполнения задач, поставленных флотам и флотилиям, на осуществление за этим контроля.
Народный комиссар ВМФ постоянно был связан с флотами и флотилиями.
Мне довелось наблюдать работу Н.Г. Кузнецова на командном пункте главкома при оперативных докладах, рассмотрении планов операций и действий сил флотов, флотилий. Могу сказать, что прежде всего меня поражало глубокое знание Кузнецовым обстановки на флотах и флотилиях, фронтах и в стране, состояния сил и средств флотов и флотилий, планируемых действий, результатов их выполнения, а также о допущенных недостатках и о принятых мерах по их устранению.
Народный комиссар ВМФ стремился быть чаще на флотах и флотилиях, но его поездки осуществлялись только с разрешения Ставки. Были случаи, когда Ставка задерживала выезд. Часто бывал Кузнецов с поручениями Ставки и в Ленинграде в период его блокады. На местах он внимательно выслушивал доклады командующих и других командиров, давал четкие конкретные указания и строго спрашивал за недостатки и промахи. Посещал корабли, части, аэродромы. Все проходило в спокойной, доброжелательной обстановке.
Н.Г. Кузнецов имел постоянную тесную связь и взаимопонимание с начальником Генерального штаба, особенно с Маршалами Советского Союза Б.М. Шапошниковым и A.M. Василевским, с которыми его объединяли также дружеские отношения.
С первых дней войны народный комиссар, Главный морской штаб сосредоточили силы на одном из основных направлений организаторской работы — взаимодействии Военно-Морского Флота с сухопутными войсками. Н.Г. Кузнецов подходил к этому вопросу творчески, инициативно, целеустремленно, отрабатывая формы и методы четкого взаимодействия сил армии и флота.
Несмотря на то, что основной ареной вооруженной борьбы Советской Армии был сухопутный театр военных действий, флот выполнял ряд важнейших оперативно-стратегических задач, содействуя сухопутным войскам в ведении оборонительных и наступательных операций на приморских направлениях. Проводил самостоятельные операции по нарушению морских сообщений врага и защите своих коммуникаций. Военно-Морские Силы приняли самое активное участие в обороне побережья Балтики, Черного и Азовского морей, Баренцева моря, в разгроме фашистских войск под Москвой, Ленинградом и Сталинградом, в Заполярье, на Кавказе и Прибалтике, а также в завершающих сражениях в Европе и под Берлином. И главком ВМС Н.Г. Кузнецов, руководя ими, бывал на всех театрах военных действий. Там, где возникала необходимость в нем.
Одной из характерных особенностей действий флота была длительная и упорная оборона военно-морских баз совместно с сухопутными войсками. Фашистское командование рассчитывало захватить крупные советские военно-морские базы с суши и тем самым обречь на неминуемую гибель Балтийский, Черноморский и Северный флоты Поэтому одной из важнейших задач ВМФ была оборона основных военно-морских баз. Как известно, в первые месяцы войны три наши главные базы — Таллин, Севастополь, Полярный — оказались под угрозой захвата немецко-фашистскими войсками, и их защита имела важное стратегическое значение.