Московский свод 1497 г. лег в основу Софийской II летописи, автор которой пошел дальше своих предшественников в обличении Софьи и Ивана III, погубивших законную ветвь династии в лице Дмитрия-внука. Неофициальная поздняя летопись утверждала, будто великий князь дважды бегал от татар, первый раз из Коломны и второй — с Угры. В страхе государь приказал воеводам насильно препроводить наследника с границы в Москву. В отличие от струсившего отца Иван Молодой «мужество показал, брань приял от отца, и не еха от берега (с Оки. — Р.С.), а христианства не выдал». Победитель Ахмата окончательно превратился в «предателя христианства». Книжник не только возлагал на Ивана III ответственность за бегство Софьи на Белоозеро, но и приписывал государю позорные планы. Послав «римлянку» с казной на север, государь, якобы «мыслил»: «Будет Божие разгневание, царь (Ахмат. — Р.С.) перелезет по сю сторону Оки и Москву возьмет и им бежати к Окияну-морю». Ввиду явной трусости самодержца Вассиан Рыло в лицо обличил его, назвав «бегуном». Возмущенные москвичи стыдили монарха, говоря: «Нас выдаешь царю и татаром». Иван III якобы побоялся въехать в Кремль, а остался за городом, «бояся гражан мысли злыя поимания». Вместо того, чтобы оборонять границу, он провел в Москве две недели, предаваясь страху и нерешительности.
Иван III шел к цели, не стесняясь в средствах. Он нарушил закон и обычаи, расправился с боярами и последовал советам сомнительных лиц. Все это не могло не сказаться на его популярности. Безнаказанные попытки скомпрометировать монарха в момент его наивысших успехов свидетельствовали как о неавторитетности главы государства, так и о кризисе власти. Одним из источников кризиса был раздор между великим князем и церковным руководством. Митрополит Геронтий дважды покидал митрополичий двор в Кремле, чтобы заставить монарха подчиниться своей воле. В первый раз Ивану III пришлось признать свою неправоту и принять условия владыки. Во второй раз монарх предпринял попытку низложить строптивого иерарха, но ничего не достиг.
Иван III не мог добиться послушания от родных братьев Андрея и Бориса, поднявших мятеж во время вторжения Орды. В 1491 г. самодержец нарушил договор с Андреем, скрепленный клятвой на кресте, и бросил его в темницу, где тот и умер два года спустя. Братоубийство считалось худшим грехом, и через несколько лет Иван III под давлением общественного мнения устроил публичное покаяние. Он призвал митрополита Зосиму и епископов и в их присутствии выразил горе по убиенном брате, «что своим грехом, неосторожно его уморил». Сведения о покаянии были включены в официальный свод 1497 г.
Волоцкий князь Борис, едва избежавший участи князя Андрея, скончался вскоре после брата. Игумен Иосиф Волоцкий, чья обитель располагалась во владениях Бориса, оплакал кончину удельных братьев и обрушился на Ивана III с упреками. Игумен уподобил самодержца Каину. Князь, писал Иосиф, обновил «древнее каиново зло»: по его вине древний род государев: «яко лист уже увяде, яко цвет отпаде, яко свет златого светильника угасе и остави дом пуст». Неправедному царю, утверждал игумен в одном из своих сочинений, не следует повиноваться, ибо «таковый царь не Божий слуга, но диавол, и не царь есть, но мучитель».
Иван III не пользовался уважением духовенства, доказательством чему был конфликт с митрополитом Геронтием и нападки Иосифа Волоцкого. После смерти Геронтия в Москве был создан священный собор. Государь не допустил к участию в соборе новгородского архиепископа, непримиримого противника еретиков, и навязал собору кандидатуру симоновского архимандрита Зосимы Брадатого, относившегося к еретикам терпимо. Великий князь рассчитывал упрочить свою власть, посадив на митрополию послушного иерарха. Но его надежды не оправдались. Очень скоро владыка подвергся самым резким нападкам со стороны фанатиков. Волоцкий, не стесняясь чернил главу церкви. Ныне, писал он, на московском святом престоле сидит «злобесный волк», «первый отступник в святителях в нашей земли», «иже сына Божия попра и пречистую Богородицю похули…» Обличения Зосимы неизбежно бросали тень на его покровителя Ивана III. Обвинение в пособничестве еретикам грозило государю изрядными неприятностями. Инок Савва в «Послании на жидов и еретиков» писал: «Аще бо царь или князь…не поклоняется Богу нашему Спасу Господу Иисусу Христу,…той воистину раб есть и проклят!»
Несмотря на покровительство государя, Зосима недолго сидел на митрополичьем престоле. Духовенство не желало подчиняться еретику, и великому князю пришлось пожертвовать своим ставленником. В 1494 г. Зосима сложил сан «не по своей воле». Предлогом для низложения послужило излишнее пристрастие владыки к вину. Отставка Зосимы была воспринята, как признак слабости власти.