Объединение земель превратило Московию в могущественную военную державу. В давнем конфликте с Литвой из-за пограничных русских земель перевес все больше склонялся на сторону России. Под натиском католицизма православное население Литвы все чаще обращало взоры в сторону единоверной Москвы. Отъезд православных князей (Воротынских и др.) на службу к Ивану III имел результатом присоединение к России значительной территории в верховьях Оки. По договору 1494 г. Литва признала утрату Вязьмы, важнейшей крепости на подступах к Москве. Брак литовского князя Александра с дочерью московского великого князя имел целью положить конец войне на границе. Но эта цель не была достигнута. В 1500 г. русские полки заняли Брянск и вышли на Днепр. В бою на речке Ведрошь воевода Д. Щеня-Патрикеев наголову разгромил литовскую армию, позднее произвел глубокое вторжение в пределы Ливонского ордена. Русские предполагали закончить войну, заняв Смоленск. Но это им не удалось. Согласно миру, заключенному в Москве в 1503 г., к России отошли украинские город Чернигов, Новгород-Северский, Брянск и другие города.
Внешнеполитические успехи России были впечатляющими. Ее дипломатические связи расширились. Глава Священной Римской империи германской нации направил в Москву посла и предложил Ивану III принять королевский титул. Европейские страны стремились заручиться союзом с Русским государством для отпора турецкому вторжению на Балканы. Москва отклонила предложение Вены. Воспитанные в византийских традициях, московские государи неоднократно употребляли титул «царь» или «кесарь», но исключительно в дипломатической переписке с Ливонским орденом и мелкими германскими княжествами. «Великий» князь Московии не желал ронять свое достоинство сношениями с «великим» магистром ордена или «великими» немецкими князьями.
Усиление власти московских государей неизбежно должно было сказаться на их взаимоотношениях с церковью. Однако московские митрополиты не сразу смирились с новыми историческими условиями. Это вело к столкновениям между светской и духовной властями. Поводом для первого серьезного конфликта послужил обряд крестного хода.
При освящении главой святыни России — Успенского собора Иван III позволил себе резкое замечание митрополиту Геронтию, который, по его мнению, сделал ошибку и повел крестный ход против солнца. Когда митрополит отказался подчиниться, государь запретил ему освящать вновь построенные церкви столицы. В начавшемся богословском диспуте Ивана III поддерживал ростовский архиепископ Вассиан Рыло и архимандрит кремлевского Чудова монастыря Геннадий Гонзов. Эти иерархи не могли привести никаких письменных свидетельств в пользу своей правоты («свидетельство никоего не приношаху») и ссылались лишь на обычай. Митрополит опирался на греческий образец. Его правоту подтвердил игумен, только что совершивший паломничество на Афон в Грецию. «В Святой горе, — сказал он, — видел, что так освящали церковь, а со кресты против солнца ходили». Возмущенный вмешательством государя в сугубо церковные дела, Геронтий удалился в монастырь. Конфликт приобрел широкую огласку, и Иван III принужден был уступить. Он отправился в монастырь на поклон к Геронтию, а относительно хождения с крестами обещал положиться на волю митрополита.
Среди иерархов, выступавших на стороне Ивана III, выделялся архимандрит Геннадий. Митрополит подверг его наказанию, посадив в ледник. Но монарх вызволил его из заточения, а некоторое время спустя назначил архиепископом Великого Новгорода.
Флорентийская уния имела приверженцев в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии. Самыми влиятельными лицами при дворе Софьи в Москве были униаты братья Юрий и Дмитрий Траханиоты. Софья и ее греческое окружение настойчиво искали опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов стал одним из таких епископов.
На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Заключение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.