Иван III (1462-1505) еще при жизни слепого отца стал его соправителем. Бедствия, постигшие князя в юности, закалили его волю. Взойдя на трон, Иван III все силы употребил на то, чтобы расширить свои владения и подчинить себе все русские земли. Для достижения этой цели он использовал любые средства — насилие, деньги, династические браки. Москва поглотила Ярославское и Ростовское княжества, Новгород Великий и, наконец, Тверь.
Ярославль давно попал в орбиту московского влияния. Дьяк Алексей Полуектов настоятельно советовал Василию II отобрать вотчину у ярославских князей. Но Василий II не решился нарушить традицию. И только Иван III последовал совету дьяка и послал его в Ярославль, чтобы довершить дело. Известно, что Полуектов находился в опале в 1467-1473 гг., а значит, его появление в Ярославле следует отнести к более позднему времени, к исходу XV в. Описывая нововведения Полуектова, местный летописец отметил, что все князья ярославские «простилися со всеми своими вотчинами на век, подавали их великому князю Ивану Васильевичу, а князь великий против их отчины подавал им волости и села…». Термин «отчина» имел в устах летописца более широкое и неопределенное значение, чем термин «вотчина» («села»). Передача «отчины» московскому князю означала ликвидацию суверенитета Ярославского княжества (В. Б. Кобрин). Ярославские князья утрачивали традиционные права и статьи дохода в Ярославле, а свои «волости и села» они как бы заново получали из рук нового суверена. Своего рода комментарием к летописному известию может служить письмо Ивана IV к А. М. Курбскому, принадлежавшему к Ярославскому княжескому дому. Царь сетовал, что князья-бояре нарушили закон, «еже деда нашего великого государя уложение: которые вотчины (князей ярославских и других. — Р. С.) взимати (конфисковать в казну. — Р. С.) и которым вотчинам еже несть потреба от нас даятися и те вотчины ветру подобно раздаяли неподобно…» Иван IV описал земельную политику Ивана III достаточно точно. Ликвидация суверенитета Ярославского княжества повлекла за собой передел земель между казной и большими местными суверенами. Закрепление обширных вотчин за князьями было нежелательно («непотребно») с точки зрения интересов казны. Оправдывая собственную политику, Иван IV концентрировал внимание на вопросе о конфискации наследственных родовых земель. Но в XV в. казна должна была оставить во владение местных вотчинников значительные вотчинные богатства.
С давних пор Ярославские князья имели «жеребья» в Ярославле, получали доходы с «черных» земель, торгов и пр. Ликвидация суверенитета означала ликвидацию «жеребьев» в Ярославле и соответствующих статей дохода. Превращение наследников великокняжеского и удельных престолов в «служебных» князей, а затем московских бояр носило достаточно длительный и сложный характер. Но результат этого процесса хорошо известен. К XV в. в Ярославской земле сохранилось гнездо богатых вотчинников из местного княжеского дома, тогда как их обедневшие братья расселились по лицу земли — от Москвы до Новгорода и Пскова.
Присоединение к Москве сопровождалось общим описанием ярославских земель. Руководил московской переписью некто Иван Агафонов: «у кого село добро, ин отнял, а у кого деревня добра, ин отнял да описал на великого князя, а кто будет сам добр, боярин или сын боярский, ин его самого записал». Целью списка было упорядочение службы бояр и детей боярских в пределах Ярославля. «Добрых бояр» и детей боярских записывали в службу, у неслужилых села и деревеньки описывали в казну. Летописец назвал писца Агафонова «сущим созирателем Ярославской земли».
Ростовское княжество лишилось остатков независимости во второй половине XV в. По свидетельству летописи, московские власти употребляли не только насильственные средства в отношении кровной родни. Под 1474 г. летописец записал, что ростовские князья продали Ивану III свою «половину Ростова». Иначе говоря, казна предоставила ростовским князьям денежный выкуп в виде компенсации за «половину Ростова».
Суздальские, ярославские и даже ростовские князья сохранили в своих руках немалую часть своих наследственных вотчинных богатств. Но ликвидация суверенитета некогда независимых княжеств помогла московским властям разрешить труднейшую задачу: создать фонд государственных земель в центральных уездах государства.