В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготеющего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытиии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.
Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.
Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики» немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа Новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновников — подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву невозможно установить. Домогаясь милости, эти люди употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. Хромой-Челяднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.
Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства. Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались.
9 октября 1477 г. Иван III с войскам выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Новгородские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители успешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода или сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставив в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.
Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят сдати Новгород».