Борьба с басмаческими бандами имела специфический характер вследствие их особой тактики и местных условий. Трусливые, когда приходилось иметь дело с большими частями Красной армии, басмаческие банды были необычайно дерзки при налетах на небольшие отряды, малочисленные гарнизоны. Обладая высокой подвижностью, они делали внезапные налеты на железнодорожные станции, заводы, административные центры. Опираясь на поддержку баев и духовенства, басмачи терроризовали местное население. У дехкан, помогавших Красной армии, они уничтожали рисовые и хлопковые поля. Басмачи были хорошо вооружены иностранными интервентами из Афганистана, оккупированного англичанами. При появлении более значительных сил красных войск банды рассеивались и, пользуясь условиями местности, уходили от преследования и собирались вновь в каком-либо условленном пункте.
Методы борьбы, применявшиеся против линейных войск противника, державшего фронт на определенных рубежах, оказались несостоятельными в борьбе с отдельными подвижными группами басмачей. Новая обстановка требовала новых методов борьбы. В приказе от 15 мая Фрунзе ставит войскам задачу:
«1. Занятие сильными гарнизонами всех наиболее крупных селений области, могущих быть базами басмачей.
2. Образование достаточно сильных отрядов для производства активных операций. При каждом гарнизоне иметь летучие колонны для уничтожения мелких шаек, появляющихся в пределах своего района».
Изучив тактику и приемы басмачей, Фрунзе вырабатывает собственную тактику. Гарнизон, подвергнувшийся нападению басмачей, оборонялся, а тем временем выделенный отряд, получив от разведки сведения об окружении гарнизона, отправлялся на выручку. Басмачи, отрезанные от путей отступления, оказывались окруженными и совместным ударом гарнизона и отряда уничтожались. Кроме того, по приказу Фрунзе был сформирован подвижной отряд особого назначения, для которого были подобраны бойцы и командиры, хорошо знакомые с местными условиями.
Учитывая специфические условия Средней Азии, Фрунзе приходилось действовать не только оружием, но и выступать в качестве дипломата. Этим путем предотвращалось излишнее кровопролитие.
Бывший адъютант Фрунзе С. Сиротинский рассказывает: «Он (Фрунзе) занят весь день, работает ночью. Автомобиль он заменяет верховой лошадью, карабкается пешком и переплывает реки. Преследует шайку басмачей, возглавляя наскоро сколоченный отряд из команды охраны своего поезда и ближайших сотрудников».
Принимая командиров с докладами, Фрунзе выяснял обстановку до мельчайших подробностей и тут же отдавал краткие, но ясные распоряжения. Военных работников поражала быстрота, с которой Михаил Васильевич схватывал обстановку и делал выводы. Характерной чертой его была смелость решений, готовность идти на риск, если это оправдывалось ожидаемыми результатами.
Значительную часть времени Фрунзе приходилось уделять работе в комиссии ВЦИК по делам Туркестана, по ночам он засиживался в полутемном, затихшем после дневной суеты штабе. Часто Фрунзе выезжал в расположение частей в сопровождении двух-трех ординарцев.
Однажды Михаил Васильевич выехал в район Гиндж-Дуван, где находился сводный отряд курсантов. Район был весьма опасен — там бродили отдельные басмаческие отряды.
Когда один из командиров предупредил его об опасности, Фрунзе спросил:
— А вы очень боитесь?
Тот смутился. Фрунзе рассмеялся и сказал:
— Волков бояться — в лес не ходить.
Для борьбы с басмачами Фрунзе широко использовал национальные формирования. Но на первом этапе борьбы местные национальные части были не всегда на высоте поставленных перед ними задач. В их рядах вели разлагающую работу курбаши — местные главари, не порвавшие связей с басмачеством. Разлагающая работа этих курбашей привела к падению дисциплины в Узбекском полку.
На совещании с командирами Михаил Васильевич указал, какие меры нужно принять для оздоровления Узбекского полка.
— Мы должны изолировать больную часть полка от здоровой, провести проверку состава полка. Очистив таким образом полк, в своей основе по социальному составу здоровый, дисциплинировать его и дать ему хорошую военную и в особенности политическую выучку.
Командиру Узбекского полка Ахунжану было приказано выступить в ташкентский лагерь для переформирования.
Ахунжан, бывший раньше главарем басмаческого отряда, приказа не выполнил. Грубое нарушение дисциплины он пытался объяснить такими мотивами:
— Наши семьи останутся беззащитными. Я не хочу ехать из Андижана. Мои аскеры (солдаты) из Андижана, я сам из Андижана. Полк остается здесь…
В подобных случаях Фрунзе не останавливался перед крутыми мерами. Это был уже второй случай.
В первый раз, когда одна из частей вздумала обсуждать боевой приказ, Фрунзе приказал предать виновных суду полевого трибунала.
— А в случае необходимости, — приказал тогда Фрунзе, — расстреливать на месте без суда. Сорная трава должна быть вырвана из Красной армии с корнем…
Сейчас от такой сорной травы нужно было очистить Узбекский полк.
Фрунзе сказал Куйбышеву: