Анна замолчала, преклоняясь перед душевным величием, которое выражалось в этих словах, хотя сердце её обливалось кровью за сына. Она напрасно искала утешения в беседе с своей дочерью Беатриче, которая, подобно многим посредственным натурам, повторяла с уверенностью, что она всё предвидела заранее, и не столько сокрушалась о судьбе Джироламо, как о неловком положении его родных. Несчастная мать, не находя поддержки в своей дочери, долго не знала, на что решиться и что предпринять для спасения Джироламо. Наконец, когда до неё стали доходить всё более и более тревожные слухи, ей пришло в голову обратиться за советом и помощью к своему сыну Марку Аврелию, который по-прежнему жил в доминиканском монастыре в Болонье. Она втайне послала к нему гонца с письмом, в котором умоляла его приехать во Флоренцию, чтобы спасти брата или по крайней мере утешить её в горе.
Слава Савонаролы разнеслась по всем монастырям, и доминиканцы считали для себя честью, что он принадлежит к их ордену. Поэтому Марку Аврелию нетрудно было получить дозволение от своего начальства отправиться во Флоренцию. Он приехал сюда перед самым Рождеством и был с радостью принят настоятелем монастыря Сан-Марко.
Для Анны было большим утешением, что она могла говорить с младшим сыном о своей душевной тревоге и обращаться к его помощи, когда Беатриче позволяла себе слишком гневные выходки против своего брата.
Марк Аврелий был таким же горячим поклонником настоятеля Сан-Марко, как большинство монахов его монастыря. Взгляды его не изменились и тогда, когда из Рима прислано было формальное отлучение от церкви, которое читалось францисканскими монахами во всех церквах Флоренции с колокольным звоном и по которому Савонарола лишался всякого покровительства законов.
Само собой разумеется, что отлучение от церкви настоятеля произвело сильное волнение в монастыре Сан-Марко, монахи знали, что подобный приговор имел весьма серьёзное значение и был торжественно вынесен всей коллегией кардиналов.
Церемония отлучения от церкви происходила в Ватикане. Папа сидел на троне, стоявшем на возвышении, под балдахином из красного бархата, богато украшенным золотом. Ступенью ниже, на низких табуретах, помещались кардиналы в пурпурных одеяниях, затем большим полукругом сидели епископы и прелаты, которых можно было отличить по красным и фиолетовым клобукам. Посредине, направо от трона, поставлен был стол, покрытый чёрным сукном, для аудиторов, то есть для членов и заседателей священного судилища, во главе которых был президент. Напротив стоял такой же стол для прокурора и третий для защитника.
Савонарола живо представил себе всю эту сцену при первом известии о постигшем его приговоре, затем он невольно задумался над последствиями. Он знал, что враги его употребят все силы, чтобы восстановить против него народ, и поэтому не оставался в бездействии. Прежде всего ему необходимо было убедиться в преданности монахов Сан-Марко. В одну ясную, звёздную ночь он собрал их в церкви, и, когда им были розданы факелы, он вышел вместе с ними на монастырский двор. Здесь он встал под большим кустом роз, где в продолжение многих лет говорил проповеди среди своих приверженцев. Монахи расположились около него полукругом; он обратился к ним с речью, которой снова возбудил в их сердцах самую горячую преданность себе. Каждый готов был в эту минуту пожертвовать для него жизнью, но всего больше ратовали за своего настоятеля его неизменные приверженцы: Сильвестро Маруффи и молодой Донато Руффоли. Они предложили остальным монахам принести торжественную клятву разделить участь Савонаролы, хотя бы им пришлось из-за этого подвергнуться мученической смерти. Савонарола заметил, что не все монахи участвовали в клятве, но старался утешить себя мыслью, что большинство монахов Сан-Марко на его стороне.
С тех пор как флорентийская синьория примкнула к лиге против Франции, она употребляла все усилия, чтобы поддержать хорошие отношения с папой. Поэтому хотя она сделала попытку оправдать письменно Савонаролу в глазах его святейшества, но в то же время потребовала от настоятеля монастыря Сан-Марко, чтобы он прекратил свои проповеди.
Савонарола повиновался некоторое время, но не мог долее устоять против своего призвания. В праздник Рождества Христова он служил обедню в церкви Сан-Марко, причастился со своими монахами и значительным числом приверженцев и во главе торжественной процессии обошёл церковь. После этого он объявил во всеуслышание, ссылаясь на авторитет папы Пелагия, что неправильное отлучение от церкви недействительно и что тот, против кого оно направлено, не нуждается в оправдании. В заключение он добавил, что наитие свыше побуждает его ослушаться недостойного судилища.
На следующий день он появился в соборе и начал свою проповедь при большем стечении народа, нежели когда-либо.