Ягода всегда интересовался материалами архивов царской охранки. Все документы-компроматы в отношении видных деятелей партии и государства он подавал лично Сталину со словами: «Есть любопытный материал (документ). Достоин нашего интереса». Разве Ягода думал, что НКВД будет вести проверку и по нему после ареста. В Горьковском секретном архиве очень долго находились на хранении материалы бывшего охранного отделения Нижегородского жандармского управления, по которым проходил бывший анархист Г.Г. Ягода под кличкой Сыч как активный участник анархической группы. В переписке между охранными отделениями по анархистам в зашифрованной форме указывалось о связи Ягоды с охранным отделением.
Осенью 1935 г. вечером на квартиру заведующего Горьковским областным секретным архивом A.A. Евстифееву в пригородный поселок Печоры приехал секретарь начальника Управления НКВД Горьковской области Куракин и предложил срочно поехать с ним в областной архив и выдать по требованию начальника Управления Погребинского дело за 1910 г. № 27 в зеленой обложке. От соответствующей расписки в получении дела Куракин отказался и только пригрозил, что нет оснований не доверять начальнику Управления НКВД. Следует отметить, что Погребинский до этого неоднократно знакомился с рядом дел из секретного архива лично и снимал копии с интересующих его документов.
Протокол допроса Евстифеева A.A. об изъятых из архива Погребинским материалах секретного характера о Г.Г. Ягоде вместе с выпиской из отношения № 296 262 от 28.04.1912 г. Московской охранки, в котором сообщалось Департаментом полиции о Г.Г. Ягоде: «В 1908 г. в городе Нижний Новгород был заподозрен в сношении с охранным отделением», 10 августа 1937 г. были отправлены начальником УНКВД по Горьковской области майором ГБ Лаврушиным начальнику секретариата НКВД СССР комиссару ГБ 3-го ранга Дейч. Но, не смотря на соответствующую проверку НКВД, Сталин не проявил интереса к этому делу. И это направление следствия было закрыто.
13 марта 1938 г. Военной коллегией Верховного Суда СССР Г.Г. Ягода был приговорен к расстрелу, а 15 марта его расстреляли. Это было в 2 часа ночи.
На Ежова написал донос начальник Ивановского управления НКВД старший майор ГБ В.П. Журавлев. Он обвинял кровавого карлика в потворстве врагам народа.
А ведь не без помощи Ежова Журавлев за неполные два года с должности начальника С ПО в Томском горотделе НКВД «дослужился» до начальника областного управления. Но что оставалось делать Журавлеву, если его попросил об этом Лаврентий Павлович? Положение же Ежова было шатким.
А все начиналось, когда 22 августа 1938 г. первым заместителем Ежова назначили Л.П. Берию (29 сентября — начальником ГУГБ НКВД СССР, 11 сентября — присвоено звание комиссара ГБ 1-го ранга).
За Берией потянулись свои. Заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР назначили В.Н. Меркулова (11 сентября — присвоено звание комиссара ГБ 3-го ранга). Начальником 4-го отдела 1-го управления с 15 сентября становится Б.З. Кобулов (11 сентября — присвоено звание старшего майора ГБ).
19 ноября 1938 г. заявление Журавлева рассмотрели на заседании Политбюро и признали политически правильным.
Ежов понял, что лучше уйти самому, а то получится, как с Ягодой, и 23 ноября написал в Политбюро ЦК ВКП(б) той. Сталину:
«Прошу ЦК ВКП(б) освободить меня от работы по следующим мотивам:
1. При обсуждении на Политбюро 19-го ноября 1938 г. заявления начальника УНКВД Ивановской области т. Журавлева целиком подтвердились изложенные в нем факты.
Главное, за что я несу ответственность, это то, что т. Журавлев, как это видно из заявления, сигнализировал мне о подозрительном поведении Литвина, Радзивиловского и других ответственных работников НКВД, которые пытались замять дела некоторых врагов народа, будучи сами связаны с ними по заговорщицкой антисоветской деятельности. В частности, особо серьезной была записка т. Журавлева о подозрительном поведении Литвина, всячески тормозившего разоблачение Постышева, с которым он сам был связан по заговорщицкой работе. Ясно, что если бы я проявил должное большевистское внимание и остроту к сигналам т. Журавлева, враг народа Литвин и другие мерзавцы были разоблачены давным-давно и не занимали бы ответственных постов в НКВД.
2. В связи с обсуждением записки т. Журавлева на заседании Политбюро были вскрыты и другие, совершенно нетерпимые недостатки в оперативной работе органов НКВД.