Вена снова требовала ускорить марш, сделать дневку с четвертого на пятый день, с чем Кутузов был не согласен, полагая, что солдат, прошедший четыре мили пешком, вовсе не отдыхает, если в тот же день должен еще сделать четыре мили на подводе15. «По числу больных, которое увеличивается день ото дня, — писал он русскому посланнику в Вене А. К. Разумовскому, а потом австрийскому уполномоченному генералу Штрауху, — я вижу, что этот форсированный марш крайне вреден солдатам. Поэтому невозможно согласиться с новым порядком (движения)… тем более что из-за постоянных дождей и страшной грязи сапоги солдат изорвались до такой степени, что некоторые из них были вынуждены идти босиком»; «ноги их так пострадали от острых камней шоссейной дороги, что они не могут нести службу». Чтобы найти выход из этой ситуации, Кутузов добился указа Александра о выдаче каждому солдату по полтине «на обувь», а главным образом — на подметки, которые «горели» на солдатских сапогах. Кутузов считал, что смотреть за состоянием обуви — прямая обязанность командиров. Начальнику 5-й колонны J1. Мальтицу он писал, что получил его рапорт и из него увидел «с ужасом, сколько в Брянском мушкетерском полку людей обосело (Мальтиц рапортовал, что половина. — Е. А.), здесь в прочих полках, переносивших те же труды, есть босые, но в малом числе и во время растахов подчиниваются… Таких рапортов я еще ни от кого не получал. Босеть или не босеть весьма много зависит от хорошего распоряжения, ибо я о сем сужу по сравнению с другими полками»16.
Пока в русской армии решалась действительно актуальная проблема — «босеть или не босеть», в Баварии, к границам которой приблизилась армия Кутузова (и стала сосредоточиваться возле городка Браунау, что на пограничной реке Инн), произошла катастрофа австрийской армии. 27 сентября к Кутузову неожиданно явился русский посланник в Баварии барон К. Я. Бюлер. Он сообщил, что французы заняли Мюнхен, откуда ему, как посланнику враждебной Франции державы, пришлось срочно бежать. Это означало, что Наполеон зашел в тыл стоящей под Ульмом армии эрцгерцога Фердинанда (или, точнее, генерала Макка) и если не окружил ее, то наверняка разорвал коммуникации между русской и австрийской армиями. Так это и было. Наполеон неожиданным для противника резким движением своих корпусов 29 сентября занял Мюнхен и, увидав, что Кутузов к городу не подступает, оставил для обороны столицы Баварии корпуса Бернадота и Даву, а также баварскую армию, а сам двинулся к Ульму.
Опасаясь неблагоприятного развития событий, Кутузов предписал Багратиону занять позицию в Браунау и возглавить авангард армии. Отныне так именовалась 1-я колонна. Остальные колонны были на подходе к Браунау, и их стали размещать по окрестным местечкам. 3 октября Кутузов издал приказ о боевом порядке (ордер-де-баталии), согласно которому генерал-майор Багратион командовал бригадой (два полка — Киевский гренадерский и Азовский мушкетерский) правого фланга первой линии, находившейся под общим командованием генерал-лейтенанта Дохтурова. Размещенные по разным деревням полки должны были срочно, по сигналу пушки, занять свои места на поле битвы“. 5 октября Кутузов разослал приказ о тактике ведения предстоящего сражения. В приказе было особо сказано, что боевые действия нужно будет вести батальонными колоннами «как для проходу сквозь линии, так и для лучшего наступления в трудных местах». Был указан и весьма распространенный в европейских армиях способ формирования колонны из середины: «Формирование сие делать на середину баталионов, составляя четвертой и пятой взвод на месте, а протчие, сделав по рядам налево и направо, формируют колонну». Одновременно отмечалось, что «свойственное храбрости российское действие вперед в штыки употребляться будет часто, причем примечать и наблюдать весьма строго: 1-е. Чтоб никто сам собою не отважился кричать победоносное ”Ура!“, пока сие не сказано будет по крайней мере от бригадных генералов. 2-е. Чтоб при натиске неприятеля в штыки люди не разбегивались, а держались во фрунте сколько можно. 3-е. Сколь скоро сказано будет: ”Стой! Равняйся!", тотчас остановились, тут будет доброта каждого баталиона особенно и достоинство его командира, которой предписанные сии осторожности наиболее выполнит». Наконец, особо предписывалось, чтобы в закрытых лесом местах или населенных пунктах, «не ожидая приказу генерала, выслать стрелков и закрыть себя как должно». Речь шла о том, чтобы выслать вперед колонны для уничтожения стрелков противника егерей, без промаха бьющих по удобной для них цели. Чуть позже Кутузов распорядился, чтобы командиры предупреждали солдат от преждевременных («напрасных») выстрелов боевыми патронами и запрещали стрелять без команды18.