Многие указывали на оплошность Римского-Корсакова: приняв решение об отступлении, он не отослал обоз рано утром, чем значительно облегчил задачу атакующих французов… Пожалуй, это можно объяснить только сомнениями генерал-лейтенанта, который не исключал возможности переменить решение и в случае удачного исхода сражений остаться в Цюрихе. Артиллерию, которая прикрывала отход войск, Римский-Корсаков отдал в жертву противнику, заслужив язвительный комментарий Клаузевица: «Армия, теряющая всю свою артиллерию, тем самым как бы бросает знамёна своей части в растоптанную грязь по дороге своего бегства». Будущий граф Милютин уточняет Карла фон Клаузевица: была потеряна не вся артиллерия, а 26 орудий из 60, а также весь зарядный ящик, весь обоз и палатки. В любом случае приходится признать, что атаки французов весьма эффективно перерезали колонны отступавших: врезавшись в колонны, они сделали невозможным продвижение артиллерии и обозов.
Когда Римский-Корсаков с основными силами уже отступал через Бюллах на Эглиазау, французы ворвались в Цюрих. Это случилось после часа пополудни. В городе оставались до 600 человек русских солдат – караульных и отставших. Они приняли бой – и все были перебиты либо пленены. Не менее восьми тысяч человек убитыми и ранеными потерял под Цюрихом Римский-Корсаков. Современный исследователь интересно рассказал о семи потерянных под Цюрихом знамёнах, за которые русские герои дрались не щадя живота своего: «Мушкетерские Генерал-лейтенанта Пржебышевского (Курский) и Генерал-майора Измайлова (Шлиссельбургский) полки потеряли по 1 ротному (цветному) знамени обр.1797 г., мушкетерский Генерал-Майора Тучкова l-ro (Севский) – 2, а мушкетерский Генерал-майора Маркова 1-го (Муромский) – 1 полковое (белое) и 2 ротных (цветных) знамени обр.1797 г. 14-го числа 1 – я мушкетерская рота Муромского полка с белым полковым знаменем тщетно пыталась пробиться сквозь неприятельские ряды. Один знаменщик был убит, его сменил унтер-офицер Деликамов, но и он, тяжело раненный, вскоре свалился без чувств; знамя взял прапорщик Тихановский 1-й, который также был ранен в голову и передал полковую святыню рядовому Емельянову; последнему удалось незаметно скрыться со знаменем в соседний лес. В пути на него, безоружного, напал французский солдат, но в то время, как враг уже занес над мушкетером штык, Емельянов ударил его древком по голове с такой силой, что француз свалился замертво. Оторвав от древка полотнище и спрятав его на груди под кафтаном, Емельянов отправился разыскивать своих, но, не зная местности и языка, он около двух недель бродил по лесам и полям, питаясь овощами и кореньями, пока не попал в руки французского патруля. Отправленный военнопленным во Францию, Емельянов более года хранил знамя у себя на груди, затем в 1801 году, по освобождении из плена, представил знамя в полк. За этот подвиг он был произведен в прапорщики. Остальные два знамени попали в плен. На следующий день знамёна потеряли прочие полки. Известны имена французских солдат, взявших в плен русские знамена: лейтенант Жан-Ноэль Кошеле из 102-й линейной полубригады и марешаль де ложи Анри Стеффен из 17-го драгунского полка»
Рядом с позором и трагедией живут и подвиги. Массена в реляции указывал, что русские в этом сражении проявили изумительную стойкость. По свидетельству Петрушевского, офицеры говаривали тогда, что «их побил не неприятель, а собственный генерал». Мужественный генерал-лейтенант Остен-Сакен с пулевым ранением в голову попал в плен, но разве можно бросить камень в генерала за такое пленение? Полковник Павел Энгельгардт прорвался со своим полком из окружения и, один из немногих, заслужил за Цюрих награду – очередной чин генерал-майора. С оставшимися десятью тысячами войск Римскому-Корсакову удалось отступить, с боями пробиваясь сквозь французские войска, и занять новые позиции у Шафгаузена. Контролировать его дальнейшие действия Массена поручил корпусу Удино, а сам с дивизиями Мортьё и Клейна (мало потрёпанными в боях при Цюрихе) двинулся навстречу Суворову.
Против утомлённой боями и переходами суворовской армии французы бросили несколько формирований: в Альтдорфе стояла усиленная свежими силами дивизия Лекурба, в Клентале, на пути к Гларису – бригада Молитора. У Швица выход из долины преграждала дивизия Мортьё, которую удалось быстро привести в порядок после действий под Цюрихом.
Донесение генерала Линкена о поражениях союзных войск Суворов получил 18 сентября. Самые пессимистические сведения, поступавшие от местных обывателей, подтвердились, а слухи о победе генерала Линкена развеялись как дым перегорелого костра. Линкена бодро теснили войска Молитора.