Папа Павел III, когда еще был жив Сангалло, поручил ему ускорить строительство дворца семейства Фарнезе, и когда пришлось увенчать его главным карнизом, чтобы завершить крышу с наружной стороны, он пожелал, чтобы его сделал Микеланджело по своему рисунку и под собственным руководством. Тот не мог отказать папе, который так его ценил и так осыпал ласками, и потому распорядился сделать деревянную модель части карниза подлинных размеров, то есть в шесть локтей длины, и приказал поместить ее на один из углов дворца, чтобы видно было, каким он должен быть в действительности; а так как он понравился Его Святейшеству и всему Риму, его впоследствии и закончили в той части его, которая теперь видна, и вышел он самым красивым и сложным из всех когда-либо виденных, как древних, так и новых. И по этой причине, когда Сангалло умер, папа пожелал, чтобы названное строительство было равным образом поручено Микеланджело, которым и было сделано там большое мраморное окно с прекраснейшими колоннами из пестрого мрамора над главным входом во дворец, с большим, очень красивым и сложным мраморным гербом основателя дворца – папы Павла III. Внутри же он продолжал строительство двора, надстроив над первым ордером еще два ордера с самыми красивыми, разнообразными и изящными окнами, украшениями и венчающим карнизом, когда-либо виданными; и потому благодаря трудам и гению этого человека двор этот стал ныне красивейшим двором Европы. Он же расширил и увеличил главную залу и украсил ордером передний вестибюль, где, пользуясь сложными и новыми способами применения циркуля, он определил полуовальную форму свода этого вестибюля. В том же году в термах Антонина была найдена древняя мраморная группа в семь локтей длиной и, шириной, в которой древними был высечен Геркулес на горе, ухвативший за рога быка, вместе с другой помогающей фигурой, а вокруг этой горы расположены разные фигуры пастухов, нимф и других живых существ (произведение это, красоты поистине исключительной, в котором в одной цельной глыбе, без добавочных кусков, видны фигуры, совершенные настолько, что решено было воспользоваться им для какого-нибудь фонтана); Микеланджело посоветовал перевезти группу во второй двор и там восстановить ее так, чтобы из нее тем самым извергалась вода; все это было одобрено, и она до сих пор тщательно восстанавливается для этой цели синьорами Фарнезе. Тогда же по указаниям Микеланджело должен был в этом направлении быть переброшен мост через реку Тибр, по которому можно было перейти прямо из упоминавшегося палаццо Фарнезе в затибрскую часть, в другой их сад и к другому их дворцу, так чтобы прямо от главного входа, выходящего на Кампо ди Фьоре, одним взглядом можно было окинуть двор, фонтан, улицу Джулиа и мост, а также красоты второго прекрасного сада, вплоть до другого входа с Затибрской улицы: все это достойно и названного первосвященника, и таланта, рассудительности и замысла Микеланджело.
Так как в 1547 году умер фра Бастьяно дель Пьомбо, венецианец, и так как папа Павел собирался восстанавливать для своего дворца упоминавшиеся древние статуи, Микеланджело охотно стал покровительствовать миланскому скульптору Гульельмо делла Порта, юноше, подававшему надежды, которого направил к Микеланджело вышеназванный фра Бастьяно. Так как его работы нравились Микеланджело, он представил его папе для приведения в порядок названных статуй, и дело пошло так хорошо, что по настояниям Микеланджело ему была передана и должность дель Пьомбо. Гульельмо восстановил статуи в таком виде, каковы они и теперь во дворце, но присоединился позднее к врагам Микеланджело, позабыв об его благодеяниях.
В 1549 году приключилась смерть Павла III, и после того как папой был избран Юлий III, кардинал Фарнезе распорядился, чтобы руками фра Гульельмо была создана большая гробница его родича, папы Павла; фра Гульельмо задумал поставить ее в Сан Пьетро под первой аркой нового храма, той, что под куполом, но это нарушало план всей церкви, да и гробница была действительно не на месте; а так как Микеланджело дал разумный отзыв, что она не могла и не должна была там стоять, монах возненавидел его, считая, что он поступает так из зависти. Однако позднее он прекрасно понял, что тот был прав и что сплоховал он и, имея для этого возможности, гробницы не закончил, как будет об этом сказано в другом месте. И я это подтверждаю, так как в 1550 году я приехал по приказу Юлия III в Рим на папскую службу и с удовольствием, чтобы угодить и Микеланджело, принял участие в совещании по этому поводу, на котором Микеланджело советовал поставить гробницу в одну из ниш, туда, где теперь колонна одержимых, ибо там ее место, я же старался склонить Юлия III к решению поставить в соответствии с этой гробницей в другую нишу собственную свою гробницу, в таком же роде, как и у папы Павла; монах против этого возражал, вследствие чего он свою так и не закончил, гробница же другого первосвященника не была начата, и все это предсказал Микеланджело.