Пришлось Микеланджело отправиться в Рим к папе Клименту, который, хотя на него и гневался, простил ему все, будучи другом талантов. Он приказал ему ехать обратно во Флоренцию для окончательного завершения библиотеки и сакристии Сан Лоренцо, а, чтобы ускорить работы, большое число статуй, для них предназначавшихся, были распределены между другими мастерами. Две Микеланджело заказал Триболо, одну Рафаэлло да Монтелупо и одну фра Джованни Аньоло, монаху-сервиту; все они были скульпторами, а он всем в этом деле помогал, лепя для каждого из них глиняные модели, по которым они успешно работали, а кроме того, он же заставлял их заниматься библиотекой, где потолок был отделан деревянной резьбой по его моделям руками флорентинцев Карота и Тассо, превосходных резчиков и мастеров, а также и живописцев, полки же для книг подобным же образом были выполнены Баттистой дель Чинкве и его другом Чапино, хорошими мастерами этого дела; а для окончательного завершения работ во Флоренцию был приглашен божественный Джованни да Удине, который вместе с другими работавшими там флорентийскими мастерами отделал лепниной трибуну: так торопились закончить столь обширное начинание.
Когда же Микеланджело собрался заняться статуями, в это время папе пришло на ум вызвать его к себе, так как задумал он расписать стены Сикстинской капеллы, в которой Микеланджело расписал потолок его предшественнику Юлию II. Клименту хотелось, чтобы на этих стенах, а именно на главной из них, там, где алтарь, был написан Страшный суд, так чтобы можно было показать на этой истории все, что было в возможностях искусства рисунка, а на другой стене, насупротив, приказано было над главными дверями показать, как был изгнан с небес Люцифер за свою гордыню и как были низвергнуты в недра ада все ангелы, согрешившие вместе с ним. Много лет спустя обнаружилось, что Микеланджело делал наброски и различные рисунки для этого замысла, причем по одному из них была написана фреска в римской церкви Тринита одним сицилийским живописцем, который много месяцев служил у Микеланджело, растирая ему краски. Фреска эта находится в средокрестии церкви, возле капеллы св. Григория, и хотя написана она плохо, все же можно обнаружить нечто ужасающее и разнообразное в движениях и группах обнаженных тел, падающих с неба и низвергающихся в недра земли, превращаясь в дьяволов разного вида, страшных и уродливых; и выдумка эта безусловно затейливая.
В то время как Микеланджело отдавал в работу эти рисунки и картоны для первой стены со Страшным судом, ему приходилось ежедневно ссориться с посланцами герцога Урбинского, которые попрекали его тем, что он получил от папы Юлия II шестнадцать тысяч скудо за гробницу; эти попреки стали ему невыносимы, и ему хотелось когда-нибудь с этим разделаться, хотя и был он уже стар и с удовольствием остался бы в Риме, так как ему был предоставлен случай, которого он и не искал вовсе, не возвращаться больше во Флоренцию, где он сильно боялся герцога Алессандро деи Медичи, которого отнюдь не считал своим другом; недаром, когда ему через синьора Алессандро Вителли предложили выбрать наилучшее место для замка и крепости во Флоренции, он ответил, что не поедет туда иначе как по приказанию папы Климента.
В конце концов о гробнице договорились так закончить это дело, чтобы не делать ее в виде отдельно стоящего четырехгранника, а отделать ее лишь с одной стороны, как этого хотелось Микеланджело, взявшему на себя обязательство поставить там шесть высеченных им собственноручно статуй, и в этом договоре, заключенном с герцогом Урбинским, Его Превосходительство согласился, чтобы Микеланджело работал на папу Климента четыре месяца в году либо во Флоренции, либо там, где папе покажется более уместным его использовать. Но хотя Микеланджело и казалось, что на этом он может успокоиться, дело этим не кончилось, ибо папа Климент, которому хотелось увидеть окончательное доказательство мощи его таланта, заставлял его заниматься картоном для Страшного суда. Он же, делая вид для папы, что он только этим и поглощен, тратил на это не все свои силы и тайком работал над статуями, предназначавшимися для названной гробницы.
Когда в 1533 году приключилась смерть папы Климента, во Флоренции остановились работы и в сакристии и в библиотеке, которые, как ни старались их закончить, так и остались незавершенными. Микеланджело решил, что он стал теперь действительно свободным и сможет заняться завершением гробницы Юлия II; однако, когда был избран Павел III, не прошло много времени, как он вызвал его к себе и не только обласкал его и сделал ему всякого рода предложения, но и заявил, что хочет, чтобы он ему служил и находился при нем. Это предложение Микеланджело отверг, ответив, что он не может его принять до завершения гробницы Юлия, так как связан договором с герцогом Урбинским. Папа вспылил, говоря: «Я ждал этого тридцать лет, и теперь, когда я стал папою, я от этого не откажусь, договор я разорву, так как хочу, чтобы ты мне служил во что бы то ни стало».