Все явления природы Священное писание объясняет просто одним тезисом: так хочет бог. Бог всемогущ и вечен, и, поскольку он вечен, вечна его творящая способность, и вследствие этого мир наш, мир материальных вещей, вечен: «…мы бы согласились, что не было мира испокон веков, если бы этому не противоречил неопровержимый аргумент со стороны оппонентов…» (там же). Таким же всемогуществом бога объясняется и возможность наличия других миров, подобных нашему, во Вселенной. Но все же аргументы Священного писания, упование на всемогущество бога уже не удовлетворяют профессора. Как подлинную истину он склонен признать лишь то, что подтверждено опытом или данными научных исследований. И положения Священного писания тоже требуют доказательства через опытное знание: «…чтобы не казалось, будто этот аргумент чисто теологический, требует откровения, скажу: необходимо, чтобы в природе проявились кое-какие знаки другого мира, которые богу нетрудно было бы показать. Таким образом, и о самом боге мы судили бы не только по его откровению, но и убежденные доводами разума и свидетельствами природы» (там же, 230).
Конисский не только выступает против основного тезиса религии — подчинение разума вере, науки — религии, но и смело пополняет «великий картезианский грех», признавая доводы науки выше догм Священного писания.
В отечественной философской мысли в то время уже сложилась и все усиливалась тенденция к рационализации религиозно-философских представлений. В первую очередь это заслуга русской рационалистической ереси XIV — начала XVI столетия, а также деятельности ариан-антитринитариев и социниан в Белоруссии и Литве — носителей идей Реформации. Реформаторы выступали за свободное толкование Священного писания, подрывая тем самым авторитет церкви (см. 30). Г. Конисский углубляет в своем философском курсе тенденцию рационалистического истолкования Библии, открыто заявляет о своем недоверии к Священному писанию, на основании данных опытной науки вскрывает его противоречия, утверждая, что Священное писание не имеет ничего общего с научным знанием и потому не может претендовать на доверие: «Заметь: здесь Солнце и Луна названы большими светилами, хотя математики учат и с точностью доказывают, что Луна меньше всех звезд, за исключением Меркурия и Венеры; однако, потому что она очень близкая и самая близкая к Земле, нам она кажется большей и меньше только Солнца. Итак, „Моисей“ (т. е. раздел Библии, повествующий о Моисее. —
В вопросе о строении Вселенной профессор откровенно симпатизирует Копернику и, кроме Писания, не видит других причин не доверять доказательствам ученого: «В основном от этой системы отталкивают человеческий разум данные Священного писания, по которым, кажется, выходит, что Земля стоит, а Солнце движется. Но последователи Коперника написали многочисленные и весомые труды, приводить которые здесь нет времени. Отдельные выберу, когда буду говорить о небе и элементах мира. Об остальных расскажу в устных беседах» (там же, 220). Разумеется, Конисский изучил в деталях систему Коперника и ознакомился со всеми доводами в пользу движения Земли. Особенно близок ему Галилей. Диалоги ученого «О движении Земли» профессор широко использует для доказательства движения Земли, изменяемости небесных тел, движения планет.