Германию Фридрих не любил, детство он провел в Италии под опекой Папы, пока другие претенденты на трон воевали между собой. За всю свою жизнь он провел там не более девяти лет, занимаясь в основном итальянской частью империи. С магнатами, особенно духовными, он играл в дипломатические игры, шел им на уступки, укреплял вассально-ленные отношения, отказался от права наследования движимого имущества умерших епископов и аббатов, предоставил крупным духовным феодалам право чеканить монету и устанавливать таможенные пошлины на границах их владений. Зато в Сицилийском королевстве, полученном от матери, он создал централизованное единое государство, а богатые торговые южноитальянские города обеспечили ему материальную базу. В Северной Италии он тоже пытался провести реформу управления, но неудачно, города вновь сплотились и под руководством Папы вновь вспомнили о Ломбардской лиге.
Папа Григорий IX, отлучил Фридриха от церкви, в ответ тот, чтобы показать, кто из них лучший христианин, отправился в крестовый поход, где ловко вступил в переговоры с египетским султаном и сумел получить Иерусалим без боя.
После возвращения он издал новый сборник законов, укрепил границы для защиты от монголо-татаров (шел 1241 год, те уже завоевали Русь и двинулись на Венгрию), остановил преследование евреев, обвинявшихся в человеческих жертвоприношениях: «Мы, с одобрения князей, объявили евреев вышеупомянутого местечка вполне оправданными от приписываемого им преступления, а остальных евреев Германии от такого тяжелого обвинения». Параллельно он продолжал воевать с Папами и Ломбардской лигой, в третий и четвертый раз женился, подавил мятеж сына и запер того в тюрьме (хотя сейчас это спорный вопрос – выяснилось, что тот был болен проказой, так что это могла быть просто изоляция больного).
«Смерть Фридриха II предварила конец штауфеновской эпохи. Недолгие годы правления его сына Конрада IV (1250–1254) прошли в ожесточенной и безуспешной борьбе с папой Иннокентием – непримиримым врагом Штауфенов».
С конца XIII века распространилась легенда о том, что Фридрих II спит под горой, чтобы когда-нибудь воскреснуть и объединить всех немцев в единое королевство. Но постепенно Фридрих II в легенде был заменен на его деда Фридриха I Барбароссу, которого, собственно, поэтому так и любили в Третьем рейхе.