Занятый итальянскими делами и конфликтом с папством Фридрих II почти не занимался германскими проблемами, которые передоверил своему сыну Генриху. Поскольку тот был еще слишком молод, власть в Германии практически оказалась в руках сильнейших князей, которым император, чтобы сохранить их лояльность, передал многие королевские полномочия, стойко защищавшиеся его предшественниками. Духовенство в 1220 г. добилось отмены некоторых статей Вормсского конкордата, дававших императору большие полномочия. Через несколько лет с согласия отца Генрих предоставил светским князьям право наследовать лены и по женской линии, а также перестал поддерживать города в их борьбе с крупными феодалами. Германия все более распадалась на многочисленные светские и духовные самостоятельные территории, получившие права чеканки монеты, сбора налогов и пошлин, полноту судебной власти. В такой Германии избираемый монарх уже не столько правил, сколько председательствовал.
Более тесно связанный с Германией Генрих все чаще расходился с императором и в конце концов организовал не без подстрекательства папы заговор против отца. Но от Фридриха II исходила какая-то магическая сила, и стоило ему со свитой, почти без войска, появиться в Германии, как мятеж сына закончился крахом. Несчастный молодой король был брошен в темницу, где при туманных обстоятельствах умер в 1242 г.
Сам Фридрих перед смертью попытался примириться с папой, чтобы обеспечить корону за своим сыном от второго брака с Изабеллой Иерусалимской Конрадом. Но папа Иннокентий и слышать не хотел о «змеином и дьявольском отродье» и наотрез отказался от каких бы то ни было переговоров. Узнав о кончине ненавистного еретика, папа немедленно объявил императором молодого графа Вильгельма Голландского. Но Конрад с большой армией вошел в Италию и разгромил соперника. Тогда папа решился на неслыханный шаг и призвал к крестовому походу против короля Германии и Сицилии. Конраду пришлось нелегко. В самой Италии его поддерживал только побочный сын Фридриха Манфред, объединившись с которым Конрад занял Неаполь. Но в мае 1254 г. Конрад неожиданно скончался, видимо, отравленный агентами папы, оставив двухлетнего сына, тоже Конрада, которому уже не суждено было стать королем.
Манфред, занявший теперь трон Сицилии, очень напоминал отца. Поэт, охотник и музыкант, он наслаждался жизнью в Апулии и на Сицилии, в то время как Германия погружалась в анархию, а князья присваивали себе последние королевские прерогативы. Даже министериалы Штауфенов настаивали на праве наследования своих ленов, чтобы уберечь их от посягательств со стороны крупных феодалов. Увязнувшие в бесконечных раздорах князья, так и не достигнув никакого соглашения, вновь избрали сразу двух королей, к тому же иностранцев — герцога Ричарда Корнуэльского из Англии, родственника Вельфов, и кастильского короля Альфонса, внука Фридриха II по материнской линии. Ричард всего несколько раз побывал в Германии, Альфонс вообще никогда не ступал туда ногой.
Италию между тем тоже раздирала кровопролитная борьба — между сторонниками Манфреда, гибеллинами, и папскими приверженцами — гвельфами. Папы все больше опирались на поддержку французского короля, мечтавшего прибрать Италию к своим рукам. Истоки этого сближения восходят еще к их совместному Крестовому походу против еретиков-альбигойцев в Южной Франции.
По папскому призыву брат французского короля Карл Анжуйский, который как граф Прованса входил в число имперских князей, вторгся с большим рыцарским войском в Италию, чтобы полностью искоренить «змеиный род» Штауфенов. Манфред и его сторонники были публично объявлены еретиками, которые не заслуживают никакой пощады. В 1266 г. Манфред погиб в сражении при Беневенто, а Карл получил из рук папы корону сицилийского короля.
Два года спустя узурпатору бросил вызов последний Штауфен — Конрадин, или Коррадино, как называли его в Италии. Юный принц, которому едва исполнилось 16 лет, с небольшим отрядом покинул Германию, чтобы возвратить себе далекую и сказочную Сицилию. Но отряд Конрадина, с воодушевлением встреченный итальянцами и в июле 1268 г. триумфально вошедший в Рим, уже в августе был окружен и уничтожен французскими войсками при Тальяконце. Конрадин попал в плен, но не был по обычаю того времени брошен в тюрьму или отпущен за выкуп. Карл приказал судить его. Конрадина приговорили к смерти за заговор против папы и короля. 29 октября на рыночной площади Неаполя юноша был публично обезглавлен. Позднее эту трагедию успешно взяла на вооружение националистическая немецкая пропаганда, разжигая у молодежи гнев против вельфов, французов и римского католицизма.
В марте 1282 г. за Конрадина отомстили французам сицилийцы, устроившие захватчикам в пасхальный понедельник знаменитую «сицилийскую вечерню», восстание, в ходе которого французы были поголовно перебиты, а королевство перешло в руки родственников первой жены Фридриха II Констанции — правителей испанского Арагона.