В 1500 г. в Германии еще чувствовалось влияние итальянского Ренессанса и гуманизма, особенно в среде южнонемецкого бюргерства, в основном достаточно веротерпимого. Полтора века спустя, после жесточайших религиозных конфликтов, произошло резкое размежевание конфессий, их отграничение друг от друга. Просвещенной гуманности, взаимному уважению и терпимости больше не было места, страну охватило общее и для католиков, и для протестантов «ведовское безумие». К нему приложили руку не только мракобесы в сутанах или экзальтированное и невежественное сельское население, но и ученые университетские юристы, готовившие экспертные заключения для процессов над ведьмами.
И все же следует признать, что в конечном итоге под знаменем Реформации религия и церковь в Германии получили источник новой силы. Динамичность протестантизма была позднее подхвачена и католицизмом, так что обе конфессии одинаково участвовали в изменении условий жизни и принципов поведения людей, внеся каждая свою лепту в процесс модернизации. Государственная раздробленность, окончательно взявшая верх после краха универсалистских имперских претензий Карла V, таила, однако, в себе шансы политического и культурного подъема в будущем. На немецкой земле возник целый ряд культурных и политических центров. Великолепие светских и духовных княжеских резиденций в стиле барокко на католическом юге и юго-западе соседствовало с более скромными протестантскими территориями Средней и Северной Германии, где власть была более нацелена на внутреннюю перестройку церкви и системы образования. На северо-востоке обозначились контуры будущей державы бранденбургских курфюрстов, значительно увеличивших в 1-й пол. XVII в. свои владения. На севере к мощному рывку вперед готовились почти не пострадавшие от войны ганзейские города Гамбург и Бремен.
Копившееся подспудно недовольство церковью выплеснулось в 1517 г. после выступления Мартина Лютера в движение Реформации, которое быстро получило широкое распространение. Его последствия проявились не только в религиозной сфере, но и во всех социальных структурах. В 1522–1523 гг. началось восстание имперского рыцарства, в 1525 г. — Крестьянская война. Это были первые крупные революционные движения в германской истории, в которых слились религиозные и социальные устремления. Оба восстания потерпели неудачу и были жестоко подавлены. Выгоду от этого получили только территориальные князья. После борьбы, которая велась с переменным успехом, по Аугсбургскому религиозному миру 1555 г., они получили право определять религию своих подданных. Протестантское вероисповедание получило равные права с католическим. Тем самым был закреплен религиозный раскол Германии. На императорском престоле в период Реформации восседал Карл V (1519–1556), который по наследству стал властителем крупнейшей в мире империи со времен Карла Великого. Он был слишком увлечен мировой политикой и потому не смог удержаться в Германии у власти. После его отречения от престола произошел раздел мировой империи. На основе германских территориальных и западноевропейских национальных государств сложилась новая система европейских государств.
В период Аугсбургского религиозного мира Германия на четыре пятых была протестантской. Но религиозная борьба еще не закончилась. В последующие десятилетия католическая церковь вновь сумела отвоевать многие области (Контрреформация). Обострилась непримиримость верований. Были созданы религиозные партии — протестантская уния (1608) и католическая лига (1609). Локальный конфликт в Богемии послужил в 1618 г. поводом для начала Тридцатилетней войны, со временем переросшей в общеевропейскую, в которой сталкивались и политические, и конфессиональные противоречия. За время войны обширные германские территории были опустошены и обезлюдели. По Вестфальскому миру 1648 г., Франция и Швеция отторгли от Германии ряд территорий. Условия мира подтвердили выход Швейцарии и Голландии из имперского союза. Имперским сословиям предоставлялись все основные суверенные права в духовных и мирских делах, им позволялось заключать союзы с иностранными партнерами.
На рубеже веков