Поздно вечером Дохтуров прибыл к Кутузову и сказал: «Я видел своими глазами отступление неприятеля и полагаю Бородинское сражение совершенно выигранным». Победа была несомненной, особенно в стратегическом отношении. Однако потери в армии были велики, и, желая сохранить армию, 27 августа Кутузов отдал приказ обвести войска на шесть верст назад, к Можайску. При отходе армии Дохтуров возглавлял колонну в составе 2-й армии, а также 4-го и 6-го корпусов 1-й армии.
Первого сентября в 5 часов вечера состоялся военный совет в Филях. К этому времени для русской армии создалась довольно неблагоприятная обстановка. Французы уже с 30 августа двинулись в направлении Рузы и дальше на Звенигород. Было получено известие о фланговом обходе Москвы корпусом Понятовского с юга, по Боровской дороге. Подкреплений, которые Кутузов рассчитывал получить от губернатора Москвы Ростопчина, не было. К тому же Барклай-де-Толли и Ермолов, осмотревшие избранную Беннигсеном позицию для сражения под Москвой, нашли ее совершенно непригодной.
На совете мнения разделились. Барклай-де-Толли предложил отступить через Москву на Владимирскую дорогу. За сдачу Москвы без сражения высказались Остерман, Раевский, а также полковник Толь. Беннигсен настаивал на сражении, считая избранную им позицию неприступной. Коновницый, Платов, Уваров и Ермолов высказались за сражение, но одновременно признавали позицию Беннигсена непригодной. Можно было атаковать французов на марше, однако в этом случае трудно было предвидеть исход событий. Дохтуров видел, что позиция, избранная Беннигсеном, весьма напоминает ту, что была при Фридланде, когда по вине Беннигсена была разбита русская армия. Но как патриот, для которого имя Москвы было свято, Дохтуров никак не мог помыслить, что столицу можно сдать без боя. Дохтуров высказался за сражение.
В воспоминаниях о военном совете в Филях Ермолов писал: «Генерал Дохтуров говорил, что хорошо было бы итти навстречу неприятелю, но что в Бородинском сражении мы потеряли многих честных начальников, а возлагая атаку на занимающих места их чиновников, мало известных, нельзя быть вполне уверенным в успехе».
Решение, принятое Кутузовым, было неожиданным для Дохтурова, и он тяжело пережевал предстоящее отступление. Беннигсен в записке, составленной им для императора, указывает, что Дохтуров во время обсуждения сделал ему «знак рукою, что волосы у него встают дыбом, слыша, что предложение сдать Москву будет принято». О том, какие чувства владели Дохтуровым, можно судить из его письма жене: «…Я в отчаянии, что оставляют Москву! Какой ужас! Мы уже по сю сторону столицы. Я прилагаю все старание, чтобы убедить идти врагу на встречу. (…) Какой стыд для Русских: покинуть Отчизну, без малейшего ружейного выстрела и без боя. Я взбешен, но что же делать?» Это признание Дохтурова свидетельствует о том, какую ответственность взваливал на себя Кутузов, принимая решение оставить Москву. Мало кто мог понять его действия, если даже такие соратники, каким был Дохтуров, считали невозможным сдать Москву без сражения.
Совершив Тарутинский маневр, Кутузов выдвинул корпус Дохтурова в сторону Москвы. Вскоре главнокомандующий получил от Дорохова сообщение о попытках дивизий Орнаро и Брусье обойти русский фланг в районе Фоминского. Кутузов предписал Дохтурову, в распоряжении которого находились, кроме 6-го корпуса, кавалерийский корпус Меллер-Закомельского, шесть казачьих полков, один егерский и артиллерия, выдвинуться в район села Фоминского. С рассветом 10 октября Дохтуров начал движение навстречу французам.
Прибыв в Аристово, Дохтуров получил от Дорохова данные, основываясь на которых отправил Кутузову сообщение: «Сию минуту был у меня генерал-майор Дорохов… Все силы, которые видел генерал-майор Дорохов в означенных местах, уверяет он, не превосходят восьми или девяти тысяч. Замечено также им, что около Фоминского и за рекою Нарою при оном селении есть бивуаки и видны огни и артиллерия, но по причине лесистых весьма мест сил неприятеля определить невозможно». Вслед за Дороховым в штаб Дохтурова прибыл командир партизанского отряда А. Н. Сеславин с пленными французами, которых он уже успел допросить. Получив новые данные, Дохтуров немедля составил донесение главнокомандующему и отправил его с дежурным штаб-офицером Д. Н. Болговским.
В донесении Дохтуров сообщил: «Сейчас капитан Сеславин доставил сведение, подученное им от пленных, единообразно показывающих, что в селении Бекасове в шести верстах от Фоминского расположились на ночлег корпус 1-й маршала Нея, две дивизии гвардии и сам Наполеон. Войска сии пятый уже день выступили из Москвы и что прочие войска идут по сей же дороге… Генерал-майор Дорохов извещает, что он получил донесение, что неприятель ворвался в Боровск».
Ночью Болговский доставил Кутузову донесение. Выслушав офицера, Кутузов сказал известные слова: «…С сей минуты Россия спасена».