Начальником Бутаков был вполне демократичным. Каждый офицер мог без всякого стеснения явится к нему со своим проектом, просьбой или советом. Бутаков был для всех равно доступен и деликатен в общении, независимо от чина. В целом отношения на отдаленном от мирской суеты Транзундском рейде складывались достаточно патриархальные. Так, офицеры между собой фамильярно именовали Бутакова «папá», с ударением (на французский манер) на последнем слоге. Матросы назвали же адмирала и вовсе запросто – «наш старичок». Биограф пишет о Бутакове так: «Он был среднего роста и имел плотное и крепкое телосложение. Казалось, что поэтому и по долголетию своих родителей, он мог рассчитывать на очень продолжительную жизнь…»
Все служившие с Бутаковым единодушно отмечают хладнокровие адмирала и его невероятную выдержку, что порой казалось, у Бутакова просто нет нервов. Какой бы ни была напряженной обстановка на мостике, он никогда не повышал голос на подчиненных, не говоря уже об оскорблениях и мате. Всегда спокойный, вежливый и доброжелательный. Одного этого было уже достаточно, чтобы люди хотели служить под его началом.
Не чужд был адмирал и хорошему флотскому юмору, причем в ситуациях, когда казалось, было вовсе не до шуток. Так однажды на переходе мониторов в Либаву, отряд попал в шторм. Для мониторов шторм в открытом море – дело весьма опасное. Разумеется, понимал это и Бутаков. Когда же один из командиров (всегда излишне осторожный) поднял сигнал: «Терплю бедствие», Бутаков, оценив реальную степень опасности, отреагировал сигналом: «Терпеть до Либавы». Вскоре о бутаковской шутке, как и о бутаковской выдержке, знал уже весь флот. И шутка, и поведение Бутакова были по достоинству оценены.
Своим офицерам Бутаков внушал неустанно:
– Мы должны денно и нощно всю жизнь готовиться к тому часу, а может, даже получасу, когда Отечеству потребуется все то, что мы умеем. Если мы тогда сумеем сделать то, чему предназначены, значит, мы прожили свою жизнь не зря, и Россия содержала нас не без пользы. А потому, друзья, за работу!
Как и его великий учитель Лазарев, Бутаков никогда не забывал, что важнейшим средством обучения офицеров быстроте мышления и лихости и расчету в маневрировании служит управление шлюпками под парусом. Поэтому на эскадре царил настоящий культ парусных шлюпочных гонок. Лучших гонщиков знал сам адмирала, а иметь достойную команду почиталось честью для каждого командира. По требованию Бутакова Морское министерство даже выделило особые денежные премии для лучших шлюпочных команд.
Как когда-то на «Владимире», Бутаков не отказался и от обучения подчиненных выполнять свои обязанности под свист пролетающих мимо снарядов. Кому-то такой метод воспитания покажется весьма рискованным и спорным. Но прошедший севастопольский ад Бутаков считал иначе.
В одном из своих приказов он писал по этому поводу: «Попадать в щит, когда в вас никто не стреляет, одно дело; попадать же в неприятеля под его ядрами – другое… Чтобы команды наши заблаговременно приучились слышать свист ядер, предлагаю посылать по очереди на один час по гребному судну с офицером на каждый из двух буйков, поставленных по обе стороны ближайшего к эскадре щита, в некотором расстоянии от него.… Сколько время мне позволит, я буду сам навещать эти буйки, что советую и гг. командирам».
Эскадра Бутакова подразделялась на два отряда, под началом контр-адмиралов Василия Таубе и Андрея Попова. Совместная служба не способствовала улучшению отношений между некогда большими друзьями. Дело дошло до открытого выяснения отношений.
Во время посещении Кронштадта делегацией американских моряков во главе с героем Гражданской войны адмиралом Фаррагутом, последний изъявил желание посмотреть корабли отряда Попова. Но когда гости усаживались на катер, Бутаков (как старший начальник) неожиданно отстранил Попова от участия в поездке, сославшись на то, что в катере для контр-адмирала нет места. Конечно, это было оскорблением. Попов незамедлительно написал Бутакову письмо, в котором требовал объяснения. В ответном письме Бутаков заверил Попова в своей преданности и расположении, но это была, разумеется, лишь отписка. Напряжение в отношениях не прекратилось. Двух старых сослуживцев несколько раз пытался вновь подружить прямодушный дядька Степан, но из этого ничего не получилось. Некоторые исследователи считают, что во многом неприязни Бутакова к Попову способствовала супруга первого Амалия Арсеньевна, имевшая немалое влияние на своего мужа.
Несмотря на огромную занятость на эскадре, Бутаков не перестает интересоваться последними европейскими военно-морскими новинками. Именно он первым обратил внимание и на отставного поручика изобретателя Алексея Давыдова, который экспериментировал с созданием морских мин, а затем создал первый в мире прибор автоматического управления стрельбой на корабле.