Из других реформ Штейна надо особенно отметить реформу центральных учреждении. Одной из главных причин административной путаницы в старой Пруссии было то, что наряду с делением органов центрального управления по роду подведомственных им дел еще сохранялось и деление по провинциям; так, например, существовали министры для Восточной Пруссии, для Померании и т. п. Эту путаницу Штейн нашел нужным уничтожить, установив единый принцип разделения дел между центральными властями: именно по функциям, а не по территориям. Им было образовано пять министерств (военное, внутренних дел, иностранных дел, юстиции и финансов) с твердо установленными границами власти для каждого. Ни одно важное дело не могло быть решено прежде рассмотрения его в совете министров; этим устранялось влияние тех неответственных шептунов, которые приобрели большую силу при Фридрихе Вильгельме III, нося звание членов королевского «Кабинета», — по закону подчиненных чиновников с очень ограниченными правами, а на деле почти всесильных в силу личной их близости к королю. Вместе с тем, конечно, упразднялось и «генеральное управление финансов, войны и уделов».
Несколько позднее была произведена реформа армии. Огромная важность военного дела была ясна для всех; только с помощью армии можно было сбросить иноземное иго и освободиться от опеки Наполеона. Как раз в разгар реформы эта опека дала себя знать самым решительным образом: Наполеон, понимавший, какую опасность для Франции может представить внутреннее возрождение Пруссии, потребовал отставки Штейна, и Фридрих Вильгельм должен был удовлетворить его требование (24 ноября 1808 г.), иначе Пруссии грозила новая и немедленная война с Францией. Но и без этого нового подтверждения утраты Пруссией независимости даже в ее внутренних делах необходимость преобразования войска была слишком очевидна, и еще до назначения Штейна была учреждена комиссия для реорганизации армии под председательством одного из самых способных генералов прусской армии — сына ганноверского мужика Шарнгорста. Однако работы комиссии двинулись вперед только после назначения Штейна. Обстоятельства предшествующего времени достаточно показали, на каких основаниях должна была произойти реформа армии: нужно было вырвать офицеров из обстановки кастовой изолированности, нужно было поднять в солдатах доверие к родине и к их начальникам, а также развить в них чувство личного достоинства; нужно было связать войско со всем народом общими интересами и одной и той же целью. А для этого надо было открыть доступ в офицерскую среду для всех сословий, ввести более гуманное отношение к солдатам, уничтожить вербовку наемников за плату и построить все военное дело на системе всеобщей воинской повинности. Первых трех целей Шарнгорсту, поставленному во главе военного министерства, удалось добиться довольно скоро. Труднее было осуществить всеобщую воинскую повинность, потому что условиями Тильзитского мира Пруссии было запрещено иметь под ружьем более 42 тысяч человек; да и сам король боялся дать свое согласие на такую демократическую меру. В конце концов Шарнгорст добился компромиссного решения: было решено призывать большинство прусских подданных (за исключением тех, которые имели льготы по воинской повинности, — в том числе и лиц, принадлежавших к высшим классам) на один месяц в армию: их наскоро обучали военному делу и затем отпускали, чтобы сново призвать новобранцев. Так, для будущей войны против Франции готовились массы все новых и новых ополченцев. Но порвать с привилегиями для высших классов, уничтожить их свободу от военной службы король довольно долгое время не решался, и всеобщая воинская повинность была введена уже только после освободительных войн (указом от 3 сентября 1814 г.).
После отставки Штейна его дело продолжал другой министр-реформатор — князь Гарденберг. Назначенный государственным канцлером с разрешения Наполеона (в июне 1810 г.), он прежде всего обратил свое внимание на расстроенные прусские финансы. Он конфисковал у церквей их имущество и затем, пустив его в продажу, достиг двух целей: пополнил государственную казну и создал некоторое количество свободных собственников земли. Он подчинил дворян косвенному обложению, заставив платить налоги за кареты, собак, лошадей и слуг (раньше косвенные налоги платили только городские жители). Прежние платежи крестьян в пользу помещика за молотьбу хлеба и изготовление пива и водки на помещичьей усадьбе он обратил в налоги государству, разрешив всем крестьянам молотить их зерно и изготовлять спиртные напитки у себя во дворе или в доме. Он уничтожил прежнюю свободу дворян от уплаты таможенных налогов. Вместе с тем он разрушил старую цеховую систему, разрешив всем желающим приобретать промысловые свидетельства за определенную плату, и этим открыл для прусской экономической истории новый период — период свободной торговли и промышленности. Наконец, он ввел налоги на капиталы и доходы, положив этим начало подоходному обложению.