Родилась она в 370 году. Отец быстро приобщил ее к математике, философии и астрономии. Затем Гипатия продолжила учебу в Афинах; из того периода к нам дошли ее комментарии к самым известным философским трактатам – трудам таких ее современников, как Диофант и Аполлоний Пергский. После того как во время публичных дебатов Гипатия стала отстаивать самые передовые философские постулаты, к ней пришла первая слава.
По возвращении в Египет она преподавала в ходе открытых лекций философию Платона и Аристотеля, а также зачатки астрономии, причем всем желающим – богатым и бедным, просвещенным и совсем безграмотным.
Синезий Киренский, один из учеников Гипатии, описывает ее как женщину редкой красоты, но при этом незамужнюю. Он говорит, что она была настоящей искусницей, способной смастерить собственными руками такие сложные механизмы, как гидрометр и астролябия. Историк Сократ Схоластик рассказывает: «Гипатия возвысилась до такого культурного уровня, что несла знание всем желающим». Но в тот период император Константин обратился в католицизм, и эта религия, ранее считавшаяся ересью, стала государственной. В 412 году епископом Александрии был назначен Кирилл, глава католического ополчения, который, якобы неся Слово Божие, на самом деле сеял ужас среди представителей других религиозных конфессий. После этого он мог уже делать все что угодно с согражданами, не опасаясь вмешательства представителей императора, и в первую очередь префекта Ореста. Если верить Дамаскию, в марте 415 года Кирилл случайно увидел толпу, направлявшуюся на лекцию по астрономии, которую читала Гипатия. Епископ якобы сначала удивился, а затем воспылал завистью к славе просвещенной язычницы, уже тогда защищавшей гелиоцентрическую теорию мира, в соответствии с которой Земля была не центром Вселенной, а вращалась вокруг Солнца.
Сократ Схоластик рассказывает о тех событиях так:
«По приказу епископа Кирилла несколько монахов подстерегли Гипатию, когда она возвращалась домой, схватили, отволокли в церковь Святого Михаила, раздели и били до тех пор, пока она не умерла. Затем расчленили труп, вывесили бренные останки напоказ на улицах, а затем оттащили их на вершину холма Цинарон и там сожгли».
О том же, хотя и немного иначе, рассказывает и Иоанн Никейский: