О его личных качествах мнения расходятся. Обычно подчёркивают, что он был прост в общении, учтив, сдержан, щедр, рассудителен; лишнего не болтал. Во имя справедливости не побоялся войти в комиссию, возражавшую против указа короля.
В книге Стивена Хокинга «Краткая история времени» (1988) образ знаменитого учёного представлен иначе:
«Исаака Ньютона нельзя назвать симпатичным человеком. Широкую известность получили его дурные отношения с коллегами; последние годы своей жизни он провёл в основном в скандальных спорах. …Ньютон поссорился с королевским астрономом Джоном Флемстидом, который раньше снабжал Ньютона данными для его “Математических начал”, а теперь задерживал информацию, которая требовалась Ньютону.
Ньютон… сам включил себя в руководство Королевской обсерватории, а затем начал добиваться немедленной публикации результатов. В конце концов ему удалось заполучить работу Флемстида и договориться о её публикации со смертельным врагом Флемстида – Эдмондом Галлеем. Однако Флемстид передал дело в суд, и суд принял решение в пользу Флемстида, запретив распространение украденной работы. Ньютона разозлило такое решение, и, чтобы отомстить Флемстиду, он убрал в более поздних изданиях "Начал" все ссылки на его работы.
Более серьёзный спор разгорелся у Ньютона с немецким философом Готфридом Лейбницем. Почти все статьи в защиту Ньютона были написаны им самим и лишь опубликованы под именами его друзей!.. Лейбниц совершил ошибку, обратившись в Королевское общество с просьбой разрешить противоречие. Ньютон, будучи президентом общества, назначил для разбора дела “незаинтересованную” комиссию, “случайно” составленную целиком из друзей Ньютона!.. Затем Ньютон сам написал отчёт комиссии и заставил общество его опубликовать, официально обвинив, таким образом, Лейбница в плагиате. Всё ещё не чувствуя удовлетворения, Ньютон анонимно опубликовал сжатый пересказ этого отчёта в журнале Королевского общества. Говорят, что после смерти Лейбница Ньютон сказал, что получил большое удовлетворение оттого, что “разбил сердце Лейбница”.
…Ньютон принял активное участие в антикатолическом движении сначала в университете, а затем в парламенте и был вознаграждён за это назначением на доходную должность хранителя Королевского монетного двора. Здесь он нашёл более социально оправданное применение своему коварству и жёлчности, успешно проведя широкомасштабную кампанию по борьбе с фальшивомонетчиками и даже отправив на виселицу нескольких человек».
Математик и физик О.Е. Акимов, приведя это высказывание, сделал вывод: «Понятно, что Ньютон не был обыкновенным человеком. Но, отвечая на вопрос: “кем в действительности он был в науке?” – честным исследователем или злобным монстром исчадия ада, – надо выбрать второе». В доказательство привёл эпизод, когда Ньютон возглавлял Королевский монетный двор и занимался перечеканкой монет:
«У него нашёлся научный оппонент, который начал оспаривать технологические процедуры чеканки. Спор… дошёл до оскорблений, причём в него были втянуты многие важные персоны, парламент и даже Королевский двор. Ньютон… не терпел никаких возражений, тем более обвинений, будто он занимается выпуском неполноценных, чуть ли не фальшивых денег. Была назначена высокая комиссия, которая, однако, признала правоту за оппонентом Ньютона по фамилии Шалонер.
Комиссия заключила, что он “убедительно показал прекрасный метод чеканки денег, который, несомненно, предотвратит фальшивомонетничество”. Автор этой передовой технологии чрезвычайно обрадовался и стал подозревать Ньютона в некоем злом умысле. В ответ на это “прославленный геометр”, как тогда называли “прославленного физика”, нанял нескольких квалифицированных сыщиков, чтобы те раздобыли ему компрометирующий материал на Шалонера. Они исполнили своё дело добросовестно, в результате чего Шалонер был обвинен в мошенничестве. Когда он, ничего не подозревая, появился в расположении Монетного двора, Ньютон приказал своим людям схватить его и бросить в тюрьму. Шалонер, естественно, возмутился и поднял шум. Особая комиссия признала действия Ньютона необоснованными, и узника выпустили на свободу».
В дальнейшем дело по настоянию Ньютона пересмотрели, обвинили Шалонера в государственном преступлении, присудив к смертной казни с предварительными мучениями. «Ньютон – страшное чудовище, – заключает О.Е. Акимов. – Ни до него, ни после него наука не знала такой бесчеловечной натуры, которой был наделён британец. Он внушал леденящий холод всем окружающим людям. Его раздражительный, мстительный и обидчивый характер мог принести непоправимые беды любому, кто приходил в соприкосновение с ним».
Тут чёрные краски сгущены до предела, в противовес образу Ньютона, который принято представлять в розовом цвете. Прославленный учёный мог быть одним с друзьями и совершенно другим с теми, кого он считал (порой несправедливо) своими врагами. В этом он неоригинален.